土地治理專案的申報工作，主要包括調查準備、初選專案、申報專案、評估專案、選定專案、下達計劃、編制初步設計、批覆建設內容等程式。
(一)調查準備。專案單位提出立項申請前，要召開村民委員會會議，徵求農民是否願意實施土地治理專案和是否自願籌資投勞等，完善相關證明材料後，方可向縣級農發部門提出專案申請，編制專案建議書，證明材料(要求見農發項[2005]98號文)為專案建議書的必備附件。
(二)初選專案。縣級農發部門將符合條件的專案建議書補充進入縣級專案庫，並擇優選報至市級農發部門。市級農發部門對專案建議書進行初步稽核，對符合條件的專案補充進入市級專案庫，並下達2007年專案庫入庫通知。縣級農發部門根據通知要求，在市級當年專案庫中，確立當年申報專案。
(三)申報專案。各縣(市、區)按照競爭選項等要求，通過初步評議，從市級下達的專案庫中，選擇兩個以上的專案，編制專案申報材料上報。
(四)評估專案。市級農發部門要組織專家對所有申報專案進行實地考察(必要時省農發局進行抽查)，形成實地考察意見和評估報告。市級評估報告，連同專案申報材料一併報省農發局。省農發局(或委託市級農發部門)組織專家評估組，對申報專案開展評估，重點評估專案的科學性、合理性、可行性等。需國家農發辦組織評估的專案須在中央財政投資控制指標下達前，將相關申報材料報送國家農發辦。
(五)選定專案。省農發局根據評估情況，篩選確定2007年專案，下達專案計劃編報通知。縣級農發部門根據專案計劃編報通知的要求，編制專案計劃。其內容包括編制說明書、專案計劃表、縣級財政部門對財政配套資金的.承諾意見、農民籌資投勞情況審查意見等。縣級農發部門編制的專案計劃經市級農發部門審查彙總後上報。
(六)下達計劃編制初步設計。省農發局按國家要求，彙總編制全省2007年度土地治理專案計劃，報國家批准。國家下達專案計劃批覆後，省局將依據國家批覆，下達全省2007年度專案計劃，部署編制初步設計。
(七)批覆建設內容。各縣將編制的初步設計及建設內容明細表，報市級農發部門審批，市級農發部門將審批後的初步設計及建設內容明細表彙總後報省農發局(按《安徽省農業綜合開發土地治理專案初步設計編制及審批工作意見》農發項[2004]69號文執行)備案。
專案初步設計一經批覆，必須嚴格執行。如遇改變專案建設地點、建設內容、資金用途等特殊情況，確需調整或變更的內容，必須按許可權規定報上級農發管理部門審批。
五、相關政策
(一)專案縣的管理
2007年對土地治理專案縣的管理按《轉發國家農業綜合開發辦公室關於印發〈國家農業綜合開發縣管理暫行辦法〉的通知》(農發項[2006]87號)規定執行，繼續實行專案縣輪換制、暫停製和重點開發制。
1、實行專案縣輪換制
2007年土地治理專案繼續以市級為單位對所屬專案縣實行輪換。各市按照省農發局下達的輪換縣控制指標，進行綜合評定後上報，最後由省農發局進行核批。在輪換中，對專案和資金管理規範、專案建設好、驗收評比成績突出、開發效益明顯、群眾口碑好的縣不輪換;反之，對專案和資金管理薄弱，特別是在驗收、檢查中發現嚴重違紀違規問題的地方，由省級和市級予以輪換。省級直接輪換的縣，須待通過整改後，方可在下一年度恢復立項。
2、實行專案縣暫停製
暫停製是對2005年度專案驗收不合格和各類檢查中嚴重問題的縣(區)，實行暫停立項，暫停立項的縣投資指標取消。暫停開發縣的確定和恢復嚴格按照《國家農業綜合開發縣管理暫行辦法》(國農辦[2006]14號)執行。
3、實行重點開發制
2007年將繼續進行重點開發。重點開發縣選擇原則是：土地資源條件好，開發潛力大;主要農產品產量和商品率高;地方財力配套能力較強;幹群開發積極性高;工作績效明顯。在一個驗收週期(三年)內，重點開發縣原則上保持穩定、連續，對確有調整必要的，由市提出申請，省農發局核批。
(二)專案政策
1、專案分類。土地治理專案下設中低產田改造、生態綜合治理2類專案，中型灌區節水配套改造專案2007年暫不安排。其中生態綜合治理專案不得超過10%。
2、專案規模。每個縣(市、區)中低產田改造單個專案重點縣按1000萬元以下、一般縣按500萬元投資規模進行前期準備，生態綜合治理專案按400萬元投資規模進行準備。
3、治理標準。2007年中低產田改造專案的建設標準為450-500元/畝，丘陵地區可以提高到550元/畝，生態綜合治理專案的建設標準為600元/畝。
4、專案區範圍。平原地區土地治理專案每個專案原則上只能由一個鄉鎮承擔，實施專案的行政村不宜過多;丘陵、山區土地治理專案按照客觀條件可以由1-2個鄉鎮承擔。
5、治理面積。年度單個專案區治理面積，中低產田改造專案原則上平原地區連片治理的耕地面積不低於一萬畝，丘陵地區連片不低於五千畝。
6、科技推廣費。2007年，各地土地治理專案科技推廣費按照省農發局《轉發國家農業綜合開發辦公室關於印發〈關於加強農業綜合開發土地治理專案科技推廣費管理工作的指導意見〉的通知》(農發項[2006]28號)相關規定安排，隨計劃一併下達。
7、農機補貼。2007年，繼續安排專項資金用於專案區內的農民購置農業機械進行補貼，隨計劃一併下達。
8、專案縣範圍。實施世行加灌三期專案縣不申報2007年度土地治理專案。
(三)積極推進新農村建設
