來源鑑定(origin identification)法又稱基原鑑定法，是應用植(動、礦)物的分類學知識，對中藥的來源進行鑑定，確定其正確的學名，以保證中藥的品種準確無誤。來源鑑定的內容包括：植(動)物藥的原植(動)物科名、植(動)物名、拉丁學名、藥用部位，礦物藥的類、族、礦石名或岩石名。以原植物鑑定為例，其步驟如下。
1.觀察植物形態 對具有較完整植物體的檢品，應注意觀察根、莖、葉、花和果實等部位的特徵，對繁殖器官(花、果或孢子囊、子實體等)尤應仔細觀察，並做好記錄。在實際工作中經常遇到的檢品是不完整的，一般都要追朔其原植物，包括深入到產地調查，採集帶花、果的完整植物，進行對照鑑定。
2.核對文獻 根據已觀察到的形態特徵和檢品的產地、別名、效用等線索，可查閱全國性或地方性的植物誌、中草藥書籍和圖鑑，加以分析對照。能初步確定科屬的，可直接查閱有關植物分科分屬資料，如對科屬尚不能確定的'，可查閱植物分科分屬檢索表，再進一步查閱分種檢索表。在核對文獻時，首先應查考植物分類學著作，如《中國植物誌》、《中國高等植物圖鑑》、《中國中藥資源叢書》及一些地方性植物誌等，其次再查閱具有論述中藥品種方面的著作，如《新編中藥志》、《中藥大辭典》、《全國中草藥彙編》、《中藥鑑別手冊》、各省中藥志及藥物志等。由於各書記載植物形態的詳略不同，對同一植物的記述有時也會不一致，必要時，還須進一步查對原始文獻，以便正確鑑定。
3.核對標本 當初步鑑定出檢品是什麼科、屬、種時，可以到相關標本館與已正確鑑定學名的該種標本核對。如有條件，能與模式標本(發表新種時所被描述的植物標本)核對，或請有關專家、植物分類研究單位協助鑑定，可獲得正確鑑定結果。
除經典的分類學方法外，近幾十年來，隨著植物化學、分子遺傳學和分子生物學的發展，許多新的分類學如化學分類學、細胞分類學、數量分類學、DNA分子遺傳標記技術等現代分類方法和技術均可用於中藥的來源鑑定。
