在稅務處理上，企業應嚴格按照《增值稅暫行條例》及其實施細則，財政部、國家稅務總局《關於全國實施增值稅轉型改革若干問題的通知》(財稅 [2008]170號)，財政部、國家稅務總局《關於固定資產進項稅額抵扣問題的通知》(財稅[2009]113號)等法規執行。符合條件的固定資產進項稅應抵盡抵，並建立已抵扣固定資產備查賬，接受稅務機關的抽查。
在具體會計實務中，應注意以下問題：
1.不是所有動產裝置的進項稅額都可以認證留抵。
能抵扣進項稅額的固定資產需要滿足以下條件：①該固定資產用於增值稅應稅專案或同時在應稅專案與非應稅專案間混用;②可抵扣進項稅的固定資產有：使用期限超過12個月的機器、機械、運輸工具以及其他與生產經營有關的裝置、工具、器具等;③應取得符合要求的`扣稅憑證;④業務發生及扣稅憑證時間都在2009年1月1日以後;⑤在企業賬面上按固定資產核算。
用於非增值稅應稅專案、免徵增值稅專案、集體福利或者個人消費的裝置，以及納稅人自用的應徵消費稅的摩托車、小汽車、遊艇，其進項稅額不得抵扣;根據財稅[2009]113號檔案規定，在《固定資產分類與程式碼》(GB/T14885-1994)中程式碼前兩位為“02”的房屋和前兩位為“03” 的構築物，土地附著物，以及以建築物或者構築物為載體的裝置和配套設施，如：給排水、採暖、衛生、通風、照明、通訊、煤氣、消防、中央空調、電梯、電氣、智慧化樓宇裝置均應作為建築物或者構築物的組成部分，其進項稅額不得在銷項稅額中抵扣。
2.建設企業自行採購的工程物資(俗稱甲供材)的進項稅額抵扣問題。
工程物資一般包括兩類，一是為建造房屋、構築物等不動產所用的工程物資，一是為安裝裝置所使用的工程物資。
用於建造建築物、構築物等不動產所購進的工程物資，其進項稅不能抵扣，計入工程物資價值。為安裝裝置所使用的工程物資，如果用於可以抵扣進項稅的裝置安裝，該工程物資進項稅也可以抵扣。企業為購進裝置和工程物資支付運費中的進項稅也可比照上述原則處理。
一次大批量購進的工程物資，購入時還無法辨別是否用於可抵扣進項稅裝置安裝時，可以先認證留抵，等以後領用時，再將用於不動產和不可抵扣進項稅裝置安裝的部分，憑工程專案領料單作相應的進項稅額轉出處理。
如果可抵扣進項稅的裝置及其所用工程物資，發生了因管理不善造成的非正常損失(被盜、丟失、黴爛變質)，也要作相應的進項稅額轉出處理。
