自然資源資產離任審計的內容圍繞著離任領導幹部所在地區的自然資源型別展開，根據該地區的具體環境特徵來進行審計，主要可以包括以下四部分內容：
(一)審計開發或建設中投入的資金，以及產生的經濟收益
就森林資源而言，應當明確領導幹部在任期間歸屬的林權，並針對所屬區域審計森林資源的情況加以開發和利用，包括建設木質採伐、林內動植物的利用、森林旅遊等方面的專案，考核這些對森林資源使用的行為是否向林業部門報備登記，並對森林資源利用所產生的經濟效益與合理性進行審計，以及在開發利用過程中是否最大限度的降低資源成本。礦產資源包括了煤、石油、礦石等，是一種不可再生的自然資源，在離任審計中首先判斷礦權的歸屬，取締私自開採礦石的工坊，將管理區域內的開採企業報備登記，防止礦產資源的流失，審計是否通過有計劃的降低成本，提高該項資源開發利用的'綜合經濟效益，同時審計對不同開發方案資金的分配、投入與收益，揭示資金執行中可能存在的問題。對海洋資源利用的運輸貿易方面，審計內容應包括港口建設和船隻購買，核實現投入使用的港口是否能夠帶來經濟效益，是否拆除或重新改造使用率較低的港口，資金的投入和分配是否有效等問題。在土地資源方面，應當核實領導幹部所管轄區域的土地所有權、使用權是否明確，是否存在違法用地的現象，對於土地的各項投資是否落實並能夠帶來收益，領導幹部在招商引資、徵用農民土地時是否少給或拖欠農民的補償款，對於所徵土地是否實時跟蹤，確保引入專案能夠切實完成，建設用地能夠得到充分的利用。
(二)審計自然資源管理和保護的狀況
對於已開發利用的森林資源，審計是否有進行合理規劃，投入的資金是否能夠實現預定的保護目的，修復遭到破壞的林木資源，針對不同專案的資金是否都落到實處，是否嚴格限定開採的範圍，保護自然林，種植人工林，做到以林養林。對於礦產資源應當審計是否有對礦產資源在未來幾年內合理利用的規劃，針對不同的礦產種類設定不同的開發方案，保護稀缺資源，限制開採數量，此外，還應當現場調研礦山環境，投入的資金是否能夠足以處理和修復在開發的過程中產生的汙染物，做到“誰開發誰保護，誰閉坑誰復墾，誰破壞誰治理”的原則，提高礦產資源的回收率。對於水資源，應當審計是否有投入資金專門用於排入河流的生活廢水等汙水的淨化裝置，以及所在海域的石油汙染的處理裝置，這些裝置是否發揮其應有的作用，招標立項，聘請第三方機構修復被汙染的資源。土地資源是國家生存和發展之本，是實現國家和地區可持續發展的重要條件，審計是否存在土地閒置的情況，是否合理規劃閒置土地資源，成立專項基金投入建設，充分利用土地。
(三)審計自然資源資產的剩餘價值
自然資源資產離任審計的審計內容應該包括領導幹部離任時，自然資源資產的剩餘價值，各類資源還有多少可用於開發利用，在領導幹部任期內消耗或修復後，餘下自然資源資產還具有多少已知或潛在的價值，即資產予以量化後的具體數值，這些以數字形式呈現的審計內容可以運用於自然資源資產負債表的編制，以及幫助下一任領導幹部瞭解地區的具體情況。對於森林資源，這一部分的審計內容應當包括在領導幹部離任時，該地區林地覆蓋率、森林所佔的面積、天然林和人工林所佔的比重大小、森林中可能存在的動植物等所具有的顯在價值，以及森林淨化空氣、防風固沙等保護環境而具有的巨大的潛在價值;而礦產資源的審計內容要有領導幹部離任時，所在地區具有具備礦產的種類、領導幹部離任時已開採並存儲礦產的數量、尚未開採的礦產總量、以及經專家勘測後可能作為新礦山進行開發的礦產資源;對海洋資源和水資源而言，審計內容應當包括領導幹部離任時，該地區海洋資源的海域面積、水資源的流量、可供人類使用的淡水的總量、魚類資源的數量、以及港口船舶建設等價值;而土地資源的審計包括領導幹部離任時，暫時閒置的土地資源的面積、已投入使用的土地面積、已有耕地面積、退耕面積、以及受到汙染難以繼續耕作的土地面積等內容。
(四)審計是否存在違反相關法律法規或修復自然資源的行為
就森林資源而言，應當掌握地區森林資源的覆蓋率，審計領導幹部在任期間是否出現亂砍濫伐的現象，導致森林面積大範圍減少，或亂佔林地，森林資源雖然具有可再生性，但是生長週期較長，肆意開採和破壞會導致森林資源的急劇減少和水土流失的現象，如果審計出現這樣的結果，應當向離任的領導幹部追究相關的法律責任。而對於礦產資源的一項重要審計內容是領導幹部的管轄區域內是否出現非法採礦或是過度採礦的現象，導致礦產資源流失，水、大氣等生態環境嚴重破壞，甚至地表沉陷，威脅人民群眾的生命財產安全，若有此類現象的出現，領導幹部難辭其咎。在漁業方面，審計內容應該包括領導幹部在任期間是否明確規定捕魚期和休漁期，防止過度捕撈而導致魚資源迅速減少，甚至滅絕，是否投入資金用於提高魚類養殖效率專案，促進漁業的可持續發展。對於水資源，包括河流資源、海洋資源的審計內容應當包含是否存在嚴重汙染現象，是否嚴格控制企業汙染物排放總量，對於領導幹部在任期間為提高經濟發展引入的企業是否處理好排汙問題。土地資源應審計是否肆意徵用耕地或農田，威脅國家糧食安全，提出土地整理復墾規劃，保證基本的農耕需求，但對於過度開荒進而導致水土流失的地區，是否做到退耕還林還草，維持生態平衡。
