(一)合同簽訂前審計
合同簽訂前審計是合同審計的重點和關鍵，因為合同簽訂過程中的任何疏漏或失誤，都有可能給企業造成損失或帶來風險。對於重要的合同，內部審計機構應當及時掌握情況，加強全過程監督。合同簽訂前審計的主要內容包括：
1、審查簽訂合同的必要性。主要審查2.合同內容是否符合企業目標，合同專案是否列入企業的計劃，是否已安排了相應的財務預算。
2、審查合同的合法性、合規性和合理性。主要審查合同是否符合國家法律法規和規範性檔案的規定，是否違反國家利益或者社會公共利益；審查合同是否符合本企業的規章制度要求，履行該合同是否給本企業帶來預期利益；審查對方的主體資格是否合法，簽訂合同的當事人是否有簽訂該合同的權利，對方是否有履行該合同的能力和誠意，選擇對方簽訂合同的理由是否充分。
3、審查合同條款的真實性和完整性。合同條款的完整性，主要審查是否符合合同法的規定(具體內容包括當事人的`名稱或姓名和住所、標的名稱、標的數量質量、價款或者報酬、履行期限地點方式、違約責任、解決爭議方法等是否完整)；合同條款是否規範、用詞是否準確。合同條款的真實性，審查是對標的數量、質量、價款等重要條款除了審查形式上的完整性還要審查其真實性、合理性，如合同當事人的信譽、經營範圍、履約能力、售後服務；合同的內容是否可行，是否經過單位相關部門的論證。
4、審查合同在企業內部是否經過相關部門的會籤，擬簽訂合同的人是否得到適當的授權，合同擬蓋公章是否符合企業的規定。
(二)合同履行過程的審計
主要審查履行合同的主體是否是合同的當事人，有無由他人代為履行的情況；審查雙方是否按照合同約定行使自己的權利和承擔應盡的義務；合同當事人履行合同的地點是否與合同約定相同；以分次、分期、分部履行的方式簽訂的合同，其履行方式是否約定一致；合同的履行費用結算是否符合合同的約定，優惠承諾是否按照合同約定進行結算；履行該合同是否達到預定的效益；對合同執行過程中存在問題，有關職能部門是否及時查明原因並予以糾正；合同違約責任是否按法律規定或者合同約定進行；合同糾紛的處理是否及時、合法、合理。
(三)合同變更的審計
合同變更的審計是指對當事人修改或者補充的合同內容進行的審計。具體審查的內容包括：合同的變更理由是否充分，有無欺詐、脅迫、重大誤解、顯失公平而導致合同權利義務對一方當事人不合理、不公正的變更；合同的變更是否經雙方協商一致，合同當事人是否履行法定程式；合同變更是否損害公共利益；變更條款是否真實、完整。
(四)終止合同的審計
終止合同的審計主要包括：合同終止是否符合合同法規定的情形；合同的權利義務終止後，當事人是否遵循誠實信用原則，根據交易習慣履行通知、協助、保密等義務；對已解除的合同，當事人是否依照法律、法規規定辦理批准、登記等手續；解除已履行的合同後，已履行方是否根據履行情況和合同性質，要求對方恢復原狀、採取其他補救措施和賠償損失。
(五)合同日常管理審計
主要審查企業有無設定專門的合同管理機構，合同管理機構，合同管理人員是否具有具備相應的資格，合同管理制度是否完善，有無重大合同變更的風險防範措施；審查合同的歸檔和保管是否完整。
