一般將傳統審計方法歸納為七大類：檢查、監盤、觀察、查詢、函證、計算和分析性複核。隨著審計技術的發展，一些新方法得到使用，新審計準則對審計方法進行了新的歸納，列舉了八大類方法：檢查記錄或檔案、檢查有形資產、觀察、詢問、函證、重新計算、重新執行、分析程式。較之以前的方法內涵更加豐富，描述更加準確。
其中幾類審計方法對資源審計來說仍是必須和有效的。
檢查記錄和檔案
這是最傳統的審計方法，在對資源開發利用、環境治理保護資金的籌集、管理、使用，特別是資金的流向審計，以及資源環境保護法規、制度的建立、健全性審計，還是有關資源環境開發、保護的.決策情況審計，必須採用這種方法對有關賬冊、法規、檔案、紀錄進行查閱。
檢查有形資產
它與原來的“監盤”有著不同的內涵，它不僅要檢查實物資產的數量，更要檢查其存在狀態。資源環境審計中，檢查有形資產主要是檢查用於開發、保護資源環境的各種設施、裝置數量上是否滿足要求、運轉是否良好。
觀察
就是現場觀察資源環境狀況是否良好，採取的有關措施、手段是否產生了效果，以及被審計單位從事資源環境工作的人員的業務活動或執行的程式是否符合相關規定。
詢問
資源環境審計中應特別重視這一方法，主要採取調查問卷和座談詢問的方式。比如對環境保護情況的調查，向長期生活在該區域內的有關人員進行問卷或座談了解，結果可能更真實、真切。
重新執行
資源環境審計中，這一方法有重要作用，就是將有關資源環境保護的方法、措施，由審計人員(專業人員)再執行，對結果進行再檢驗。比如在對水環境質量進行審計中，不能只依賴環保部門提供的資料，應由審計人員現場取樣後，在第三方重新執行檢測程式，以查證水體質量。
分析程式
資訊科技已在資源環境領域普遍使用，有關部門的業務資料庫都能提供資金結算、能源消費、環保統計、線上監測等資料，審計人員可以研究各種資料之間，特別是財務資料與非財務資料之間的內在關係，進而對資源環境開發和保護情況作出評價。這一方法還包括調查識別出的、與其他相關資訊不一致或與預期資料嚴重偏離的波動和關係。
