環境糾紛，是指環境保護法律關係主體之間就其環境權利和義務而產生的爭議。環境糾紛按糾紛的法律性質不同，可分為環境行政糾紛和環境民事糾紛。
(一)環境行政糾紛處理程式
環境行政糾紛，可以通過環境行政複議和環境行政訴訟解決。
對於環境行政訴訟時效，環境保護法作了不同於行政訴訟法的規定;當事人對行政複議決定不服的訴訟時效為15天;直接向人民法院起訴的，訴訟時效為15天。
(二)環境民事糾紛處理程式
1.環境行政調解處理。是指環境保護行政主管部門或者其他依照法律規定行使環境監督管理權的部門應當事人的請求對環境汙染賠償責任和賠償金額的糾紛進行調解處理的程式。環境行政調解處理既不是必經程式，也不是最終程式。環境民事糾紛當事人對行政調解處理決定不服的，可以向人民法院起訴，也可以不經過行政調解處理直接向人民法院起訴。環境行政調解處理決定沒有強制執行的效力，對調解處理決定不服的，不能提起行政訴訟，而應提起以對方當事人為被告的環境民事訴訟。
2.環境民事訴訟。環境民事訴訟與其他民事訴訟相比有以下幾點特殊之處：
(1)環境民事訴訟時效為3年。環境保護法規定：因環境汙染損害賠償提起訴訟的時效期間為3年，從當事人知道或者應當知道受到汙染損害時起計算。由於從環境侵害行為到由它產生的危害後果之間，汙染物有一個遷移、轉化和作用的過程，即危害後果的發生和暴露相對於汙染行為有時間上的滯後性，因此，只有規定較長的訴訟時效，才能有效保護受害人的合法權益。
(2)環境民事訴訟適用舉證責任倒置。一般的民事訴訟，由原告負舉證責任，但在環境民事訴訟中主要由被告負舉證責任。最高人民法院《關於適用(中華人民共和國民事訴訟法)若干問題的意見》第74條規定，因環境汙染引起的損害賠償訴訟，對原告提出的侵權事實，被告否認的，由被告負舉證責任。可見，在環境民事訴訟中，原告只需提供被告侵權的基本事實，而被告則負主要的.舉證責任。之所以在環境民事訴訟中適用舉證責任倒置，是因為要求原告證明被告從事排汙行為、排汙行為與損害後果之間的因果關係，十分困難，如果實行原告舉證無異於剝奪受害者的勝訴權。
(3)因果關係推定。在一般民事訴訟中，要求原告證明侵權行為與損害結果之間有嚴密的因果關係。由於環境侵害的行為並不是直接作用於受害人，而是以環境為媒介;環境侵害是通過汙染物在環境中遷移、轉化來進行，有複雜的作用機理，加之很多汙染後果是多因素共同作用的結果，因此，如果在環境民事訴訟中沿用嚴密的因果關係論，將使受害人合法權益得不到應有的救濟。在我國司法實踐中，適用因果關係推定理論，即被告不能證明自己與環境汙染危害無關(如行為人排放的汙染物不可能產生受害人遭受的汙染)，就推定因果關係存在。
