專案管理要求採用靈活的組織形式，改單一的組織結構為適應專案特點和客戶需求的靈活多樣的組織結構。舉例典型的煤炭製造型企業，煤炭生產企業應採用矩陣式組織結構，組建專案辦公室負責企業專案管理工作。
在矩陣式結構中，專案負責人既是專案經理又是部門經理，在領導專案時，對專案的結果負責，同時又對職能部門的業務負責。矩陣式結構有效地利用了企業的資源，減少了部門間工作的衝突，增加了橫向溝通，使部門經理有機會通過領導和參與各種專案，獲得更多領域的知識和技能，豐富多部門、多專業管理的經驗和閱歷，使他們的個人價值得到提高，能夠勝任未來的高層職務，獲得職業上的發展。
專案的分級管理。在企業中同時有許多專案需要執行，但由於資源、時間等條件的制約，很多專案不能同時進行，要麼推遲一個或多個專案，要麼降低一個或多個專案的要求。這就需要對企業多專案進行分級管理。根據專案涉及的範圍和複雜程度、專案管理的內容、專案管理人員的知識和能力等要素，可以將企業內的專案分級，如分為A、B、C三個等級，按專案的創新程度分為創新級、改善級和保持級。根據級別的不同對專案進行評價後，企業考慮實際的資源情況，對不同級別的專案進行啟動時間、範圍和完成時間的調整，甚至可以確定暫不執行。對於創新級的專案無論A級還是C級，在資源上給予優先考慮。這樣就解決了企業多專案管理中專案的選擇和優先權問題。
建立完善的資訊管理與文件體系。企業各個專案在其執行過程中會產生很多報告、合同、圖紙、照片、音像等文件資料，矩陣式組織結構決定了專案經理不可能有足夠的精力管理專案文件，原有分散型的專案文件管理方式已經不能滿足企業專案管理髮展的需求。因此綜合考慮要高效、有序、規範地管理專案文件，在企業專案分級的基礎上，要制定專案資訊管理的組織與流程，針對不同級別的專案制定與之相適應的專案報告制度和檔案管理制度。專案文件能反映專案進展狀況，並及時通報出現的問題，提出解決的方法。它起到組織、監控及評估專案的作用，為以後的專案提供有用的參考資料。
靈活運用各種專案管理工具。常用的`專案管理工具包括兩大類：識別問題的工具和分析解決問題的工具。識別問題的工具包括思維圖、甘特圖、帕累託圖和流程圖等。分析和解決問題的工具包括里程碑計劃、網路圖、因果圖、控制圖和點陣圖等。 加強人力資源的開發與培養。在知識經濟時代，知識正成為發展經濟與提高競爭能力的原動力，而知識的載體是人，是熟練掌握業務的科技專業人才。因此人才爭奪戰正日益成為當今國際競爭的熱點與焦點，誰擁有足夠數量的高水平專業人才，誰就在競爭中勝人一籌。企業專案管理需要具有一定經驗和相關資質的專案管理人員，為此企業應定期為員工提供專案管理方面的輔導和培訓，同時制定內部招聘及競爭上崗制度、部門職能劃分及工作說明書編定製度、重點人才學歷教育企業資助政策、薪酬制度等一系列與人力資源開發相關的制度，這樣才能有效地激發員工自我開發的積極性，規範管理者和員工在人力資源開發活動中的職責與義務，保障企業和員工雙方的利益，滿足企業各類專案人才的需要，保證企業各級專案的連續開展。
建立公平合理的績效考評體系。良好的考核體系能充分調動企業員工的積極性，提高他們的工作績效。因此在考核方面，對管理人員、部門經理等各級人員的績效評價中加入專案管理的內容，對各級負責人除了考核職能工作業績外，還考核作為專案經理的業績，進行綜合評估。對參與專案人員在提升、獎勵、績效考核方面有優先的權重專案管理和企業管理是兩個完全不同的管理過程。煤炭企業有其特定的生產條件，有其自身的技術經濟特點，決定了煤炭企業的許多工作可以利用專案管理的方法來解決。
要克服煤炭企業只重技術不重經濟和管理的弱點，對管理人員和技術人員進行管理理論和管理方法的教育培訓，從思想上、組織上、管理工具與方法上奠定良好的基礎，加強專案管理工作，使專案管理與企業管理形成有機互補，共同作用於煤炭企業建設和生產的實踐之中，創造最佳的經濟效益和社會效益
