補充養老保險、補充醫療保險是在基本養老保險、基本醫療保險的基礎上，政府以政策指導和政策優惠為導向，用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特徵，以提高出資單位員工的養老待遇為主要特點的社會保險的重要組成部分。由於補充養老保險的特點，因此其繳納方式比較靈活，可以由單位根據自身效益決定，根據不同的比例要求報有關部門備案或者批准即可。
一、補充養老保險費、補充醫療保險費的企業所得稅處理
《企業所得稅法實施條例》規定，企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的範圍和標準內，准予扣除。進而《財政部國家稅務總局關於補充養老保險費、補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受僱的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予扣除;超過的部分，不予扣除。與《國家稅務總局關於執行需要明確的有關所得稅問題的通知》(國稅發[2003]45號)的不同點有：
一是支付的物件不同。老政策規定支付補充養老保險費和補充醫療保險費的物件是全體僱員，新政策規定的物件為投資者或者職工。
二是規定支付標準的許可權主體不同。老政策規定按國務院或省級人民政府規定的範圍或標準執行，新政策規定按國務院財政、稅務主管部門規定的範圍或標準執行，將省級人民政府規定的許可權廢除，避免全國各地執行標準不一致。
1.補充養老保險費、補充醫療保險費的計算基數。補充養老保險、補充醫療保險以職工工資總額為基數。按照《國家稅務總局關於企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》(國稅函[2009]3號)第二條規定，工資薪金總額是指企業按照本通知第一條規定實際發放的工資薪金總和，不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬於國有性質的企業，其工資薪金，不得超過政府有關部門給予的限定數額;超過部分，不得計入企業工資薪金總額，也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。該通知第一條規定，所謂合理工資薪金，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規定實際發放給員工的.工資薪金。因此，財稅[2009]27號檔案中的工資總額應該等同於國稅函[2009]3號檔案中的工資薪金總額，其計算口徑應該和計算職工福利費支出、職工教育經費支出、工會經費支出所用的工資薪金總額一樣，都是按企業實際發放的工資薪金總額。《國家稅務總局關於(中華人民共和國企業所得稅年度納稅申報表>的補充通知》(國稅函[2008]1081號)的，“附表三《納稅調整專案明細表》填報說明”規定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”填報納稅人按照國家統一會計制度規定計入成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼。第2列“稅收金額”填報納稅人按照稅收規定允許稅前扣除的工資薪金。如本行第1列≥第2列，第1列減去第2列的差額填入第3列“調增金額”;如本行第1列<第2列，第2列減去第1列的差額填入第4列“調增金額”。
2.執行時間銜接涉稅問題。財稅[2009]27號檔案的執行起始日為2008年1月1日，而該檔案的發文日期是2009年6月2日，已過彙算清繳期，納稅人無法在彙算清繳時執行，只能在彙算清繳期過後再按規定重新計算2008年度稅款，根據《稅收徵收管理法》第五十二條規定，因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金，因此，如果納稅人因財稅[2009]27號檔案規定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規定向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息;如果納稅人因財稅[2009]27號檔案規定而涉及補繳稅款的，稅務機關可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。
3.企業只為少數職工支付補充養老保險費、補充醫療保險費扣除問題。企業只為少數職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，能否在計算應納稅所得額對準予扣除?根據財稅[2009]27號檔案的規定：“自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受僱的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予扣除;超過的部分，不予扣除。”根據上述規定，“本企業任職或者受僱的全體員工”支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予扣除。如果不是全體員工都參加補充養老保險、補充醫療保險，那麼就不能使用職工工資總額作為扣除基數。
【例】振興股份公司2009年為職工實際支付的工資薪金總額為500萬元，均系合理的工資薪金支出。該企業2009年按工資薪金總額的7%為職工支付補充養老保險費、按工資薪金總額的3%為職工支付補充醫療保險費。即支付補充養老保險費35萬元，支付補充醫療保險費15萬元。按照財稅[2009]27號檔案的規定，該公司在計算應納稅所得額時允許稅前扣除的補充養老保險費和補充醫療保險費限額均為25萬元(500×5%)。補充養老保險超標10萬元，補充醫療保險不超標，可以扣除15萬元，因此，該公司2009年應調增應納稅所得額10萬元。
二、補充醫療保險金、補充養老保險金的個人所得稅處理
依據《個人所得稅法》及《財政部 國家稅務總局關於住房公積金、醫療保險金、養老保險金徵收個人所得稅問題的通知》(財稅字[1997]144號)規定：“企業和個人按照國家或地方政府規定的比例提取並向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老保險金不計人個人當月的工資、薪金收入，免徵個人所得稅。超過國家或地方政府規定的比例繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老保險金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計徵個人所得稅。”《國家稅務總局關於企業發放補充養老保險金徵收個人所得稅問題的批覆》(國稅函[1999]615號)中也明確規定：“對職工取得的補充養老保險金應全部計入發放當月個人的工資、薪金收入，合併計徵個人所得稅。”即根據現行的《個人所得稅法》的規定，單位為職工繳納的基本養老保險、基本醫療保險可在稅前扣除，但是單位為職工繳納的補充養老保險、補充醫療保險必須在稅後扣除。
三、補充養老保險費、補充醫療保險費的會計處理
從薪酬的本質出發，現行會計準則規定，職工薪酬是指企業為獲得職工提供的服務而給予的各種形式的報酬以及其他相關支出，也即凡是企業為獲得職工提供的服務所給予或付出的所有代價(對價)，均構成職工薪酬。因此補充養老保險、補充醫療保險是職工薪酬核算的範疇，在“應付職工薪酬”科目下可設“補充社會保險費”明細科目，補充養老保險、補充醫療保險不是工資總額的組成部分，只是以工資總額作為計算依據，並不是企業的人工費用，不屬於生產成本中的直接人工，所以應該作為期間費用，直接記入“管理費用”科目。職工個人負擔的補充保險費，由企業代扣代繳，從職工工資中代扣時，借記“應付職工薪酬”科目，貸記“其他應付款——職工個人保險費”科目。
