《關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》，首次明確了新稅法實施後企業債務重組業務的所得稅處理方法，並根據債務重組的不同情形，分別明確了一般性稅務處理和特殊性稅務處理的政策。
一、債務重組業務一般性稅務處理檔案規定：
1、以非貨幣資產清償債務，應當分解為轉讓相關非貨幣性資產、按非貨幣性資產公允價值清償債務兩項業務，確認相關資產的所得或損失;
2、發生債權轉股權的，應當分解為債務清償和股權投資兩項業務，確認有關債務清償所得或損失;
3、債務人應當按照支付的債務清償額低於債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得，同時債權人應當按照收到的債務清償額低於債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失;
4、債務人的相關所得稅納稅事項原則上保持不變。
【例1】甲公司欠乙公司貨款100萬元。由於甲公司財務發生困難，經雙方協商，甲公司以其自產產品償還債務。該產品賬面價值與計稅基礎均為50萬元，公允價值60萬元。甲、乙公司均為增值稅一般納稅人，適用增值稅稅率為17%，雙方債權、債務的計稅基礎均為100萬元。
會計處理
甲公司：
借：應付賬款 100萬元
貸：主營業務收入 60萬元
應交稅費—應交增值稅(銷項稅額) 10.2萬元
營業外收入(債務重組利得) 29.8萬元
借：主營業務成本 50萬元
貸：庫存商品 50萬元
乙公司：
借：庫存商品 60萬元
應交稅費——應交增值稅(進項稅額)10.2萬元
營業外支出(債務重組損失) 29.8萬元
貸：應收賬款 100萬元
稅務處理
甲公司：應確認轉讓非貨幣性資產所得60-50=10萬元;同時按照支付的債務清償額與債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得100-60-10.2=29.8萬元。
乙公司應當按照收到的債務清償額低於債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失100-60-10.2=29.8萬元。
從這裡可以看出，債務重組業務的一般性稅務處理，無論債務人或者債權人，均與會計處理基本一致。
二、債務重組業務特殊性稅務處理檔案規定，企業債務重組業務同時符合第五條規定條件的，即重組具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的等，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：
企業債務重組確認的應納稅所得額佔該企業當年應納稅所得額50%以上，可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。
【例2】如上例，假設甲公司以其對控股公司股權償還債務。該股權的賬面價值與計稅基礎均為50萬元，公允價值70萬元。
會計處理
甲公司：
借：應付賬款 100萬元
貸：長期股權投資 50萬元
投資收益 20萬元
營業外收入(債務重組利得) 30萬元
乙公司：
借：長期股權投資 70萬元
營業外支出(債務重組損失) 30萬元
貸：應收賬款 100萬元
稅務處理
假設甲公司債務重組確認的應納稅所得額佔該企業當年應納稅所得額50%以上，則其債務清償所得30萬元和股權投資所得20萬元可暫不確認，而選擇在以後5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。
而乙公司也應暫不確認債務清償損失30萬元，同時其長期股權投資的計稅基礎應以原債權計稅基礎100萬元確認，與會計賬面價值70萬元的差額應確認可抵扣暫時性差異。假設乙公司的所得稅率為25%，該差異轉回的未來期間能產生足夠的'應納稅所得，則應確認遞延所得稅資產(100-70)×25%=7.5萬元。
三、債務重組特殊性稅務處理應注意的問題：
1、債務重組所得遞延納稅的新、舊規定變化。這裡可分為三個階段：
⑴在“兩稅”合一前，內資企業根據國家稅務總局令第6號《企業債務重組業務所得稅處理辦法》，企業在債務重組業務中因以非現金資產抵債或因債權人的讓步而確認的資產轉讓所得或債務重組所得，如果數額較大，一次性納稅確有困難的，經主管稅務機關核准，可以在不超過5個納稅年度的期間內均勻計入各年度的應納稅所得額。國稅發[2004]82號文《關於做好已取消和下放管理的企業所得稅審批專案後續管理工作的通知》取消了該項政策審批;
⑵新稅法實施後已作遞延所得確認的餘額處理。根據國稅函[2009]98號文《關於企業所得稅若干稅務事項銜接問題的通知》，企業按原稅法規定已作遞延所得確認的債務重組所得，其餘額可在原規定的遞延期間的剩餘期間內繼續均勻計入各納稅期間的應納稅所得額;
⑶新稅法實施後新發生的債務重組所得，遞延納稅除要符合財稅[2009]59號文第五第的條件外，該重組所得還必須是股權支付部分獲得的，且該重組所得還應占該企業當年應納稅所得額50%以上。當然，這裡的股權支付，既包括債務人增發股份，也包括債務人控股公司的股權。同時還應注意，企業債務重組選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
2、債務重組業務選擇特殊性處理時，債權人取得的股權投資計稅基礎應以原債權的計稅基礎確定。而“兩法”合一前並無此項規定。根據國家稅務總局令第6號，在以債務轉換為資本方式進行的債務重組中，債權人應當將享有的股權的公允價值確認為該項投資的計稅成本。
