當同一商品在不同市場上價格不一致時就會存在套利交易。傳統上，數量固定的證券會在供求關係的作用下，形成二級市場價格獨立於自 身淨值的交易特色，如股票、封閉式基金即是如此。而數量不固定的證券，如開放式基金則不能形成二級市場價格，只能按淨值進行交易。ETF的獨特之處在於實 行一級市場與二級市場交易同步進行的制度安排，因此，投資者可以在ETF二級市場交易價格與基金份額淨值兩者之間存在差價時進行套利交易。
具體而 言，當二級市場ETF交易價格低於其份額淨值，即發生折價交易時，大的投資者可以通過在二級市場低價買進ETF，然後在一級市場贖回(高價賣出)份額，再 於二級市場上賣掉股票而實現套利交易。相反，當二級市場ETF交易價格高於其份額淨值，即發生溢價交易時，大的投資者可以在二級市場買進一籃子股票，於一 級市場按份額淨值轉換為ETF(相當於低價買入ETF)份額，再於二級市場上高價賣掉ETF而實現套利交易。套利機制的`存在會迫使ETF二級市場價格與份 額淨值趨於一致，使ETF既不會出現類似封閉式基金二級市場大幅折價交易、股票大幅溢價交易的現象，也克服了開放式基金不能進行盤中交易的弱點。
折價套利會導致ETF總份額的減少，溢價套利會導致ETF總份額的擴大。但正常情況下，套利活動會使套利機會消失，因此套利機會並不多，通過套利活動引致的ETF規模的變動也就不會很大。ETF規模的變動最終取決於市場對ETF的真正需求。
