1.糖類的分解：細菌分泌胞外酶，將菌體外的多糖分解成單糖(葡萄糖)後再吸收。各種細菌將多糖分解為單糖，進而轉化為丙酮酸，這一過程是一致的。丙酮酸的利用，需氧菌和厭氧菌則不相同。需氧菌將丙酮酸經三羧酸迴圈徹底分解成CO2和水。厭氧菌則發酵丙酮酸，產生各種酸類(如甲酸、乙酸、丙酸、丁酸、乳酸、琥珀酸等)、醛類(如乙醛)、醇類(如乙醇、乙酸甲基甲醇、異丙醇、丁醇等)、酮類(如丙酮)。不同細菌具有不同的酶，對糖類的分解能力和代謝產物也不同，藉此可以鑑別細菌。
2.蛋白質的分解：蛋白質分子在細菌分泌的蛋白質水解酶的作用下，在肽鍵處斷裂，生成多肽和二肽。多肽和二肽在肽酶的作用下水解，生成各種氨基酸。二肽和氨基酸可被細菌吸收，氨基酸在體內脫氨基酶的作用下，經脫氨基作用生成氨。不同種細菌在不同的條件下所進行的脫氨基作用的方式(氧化脫氨基、水解脫氨基、還原脫氨基)及代謝產物也不同。可藉此鑑別細菌。如有些細菌能使色氨酸氧化脫氨基，生成吲哚、C02和H20.細菌還可以用脫羧酶使氨基酸脫羧，生成胺類(如組胺)和C02.
3.細菌對其他物質的分解：細菌除能分解糖和蛋白質外，對一些有機物和無機物也可分解利用。各種細菌產生的酶不同，其代謝的基質不同，代謝的產物也不一樣，故可用於鑑別細菌。
(1)對其他有機物的分解：如變形桿菌具有尿素酶，可以水解尿素，產生氨。乙型副傷寒沙門菌和變形桿菌都具有脫硫氫基作用，使含硫氨基酸(胱氨酸)分解成氨和H2S.
(2)對其他無機物的分解：產氣腸桿菌分解檸檬酸鹽生成碳酸鹽，並分解k1nz-0.html" target="_blank" >培養基中的銨鹽生成氨。細菌還原硝酸鹽為亞硝酸鹽，氨和氮氣的作用，稱為硝酸鹽還原作用。
4.細菌合成代謝產物的意義
(1)熱原質：大多數為革蘭陰性菌合成的.菌體脂多糖。注入人體或動物體內能引起發熱反應，故稱熱原質。
(2)毒素和侵襲性酶：細菌產生毒素，包括內毒素和外毒素。內毒素為草蘭陰性菌的脂多糖。外毒素是革蘭陽性菌產生的蛋白質，毒性強且有高度的選擇性。有些細菌還能產生具有侵襲性的酶，如卵磷脂酶、透明質酸酶等。毒素和侵襲襲性酶在細菌致病性中甚為重要。
(3)色素：有水溶性色素(銅綠假單胞菌的色素)和脂溶性色素(金黃色葡萄球菌的色素)。不同細菌產生不同的色素，在鑑別細菌上有一定意義。
(4)抗生素：是由某些微生物代謝過程中產生的、能抑制或殺死另一些微生物和癌細胞的微量生物活性物質。
(5)細菌素：某些細菌菌株產生的一類具有抗菌作用的蛋白質，細菌素作用範圍狹窄，僅對與產生該種細菌素的細菌有近緣關係的細菌才能起作用，如大腸菌素、綠膿菌素、變形菌素和弧菌素等。
