主要有以下七種特殊的銀行賬戶，具體管理如下：
1.個人銀行賬戶的管理
鑑於單位(組織)與個人在信用、風險、保密、稅收、管理等方面的諸多差異，筆者認為對單位銀行賬戶與個人銀行賬戶應予以區分。
借鑑國際通行做法並考慮我國實際，個人銀行賬戶可以分為個人定期存款賬戶和個人活期存款賬戶兩類。個人活期存款賬戶又可以細分為存摺戶(不可以使用信用支付工具)、支票戶(可以使用信用支付工具)、銀行卡戶三種，不再劃分個人儲蓄賬戶和結算賬戶。個人賬戶的資金性質界定為儲蓄存款。個人活期存款賬戶中的支票戶須納入人民銀行賬戶管理資料庫，核發開戶證。其他賬戶由開戶的商業銀行建立資料庫進行管理。
對個人支票戶的管理應堅持：實行實名制，憑有效身份證明開立賬戶，不得由他人代理開戶手續;對存款人的資格從嚴控制並要求提供擔保;強化資金來源的監督，必須是個人的合法收入或個人貸款轉存，必要時須向開戶銀行提供納稅證明等檔案;可以按照現金管理的有關規定支取現金;計付利息並徵收利息稅;除法律、法規規定外不得查詢、凍結、扣劃賬戶存款。
個體工商戶、農村專業戶和承包戶因經營活動開立的銀行賬戶應使用商號作為賬戶名稱，性質為單位賬戶，不得以個人姓名作為賬戶名稱。採用承包經營方式的工商企業，其承包人不得以個人名義開立單位賬戶，必須以被承包單位名稱開立單位銀行賬戶。
2.證券保證金賬戶的管理。
通過證券保證金賬戶進行洗錢、套取現金等已成為當前逃避銀行賬戶管理、現金管理，進行犯罪活動的新動向，必須引起高度重視。建議人民銀行總行儘快會同證監會制定《證券保證金賬戶管理辦法》以及商業銀行代理證券業務的相關管理辦法。堅持證券保證金賬戶與券商分離的原則。通過銀證聯網、個人和機構投資者在銀行開立專用存款賬戶的辦法，解決證券保證金問題。這樣既可免除投資者在銀行與證券公司之間將存款轉來轉去，又可以避免券商挪用客戶保證金、單位存款人挪用銀行貸款進行股票投機炒作，還可以增加商業銀行儲蓄存款，避免儲蓄存款分流(目前招商銀行與國通證券公司已有成功的合作經驗)。在未實現證券保證金賬戶與券商分離前，機構投資者在證券公司開立的證券保證金賬戶必須向人民銀行申報、核報、核准，比照專用存款賬戶管理。
3.行政機關銀行賬戶的管理
國家行政機關不同於企業，其財務收支已納入國家預算。應體現財政部門對其的監督。人民銀行應會同財政部門結合財政支付體系的改革(如建立國庫單一制度、政府採購制度等)，另行制定《行政機關銀行賬戶管理辦法》。實行預算管理的事業單位應比照行政機關管理。
4.金融機構銀行賬戶的管理
商業銀行、證券公司、保險公司、信託公司、財務公司、租賃公司等金融機構是經營貨幣特殊商品的特殊企業，其經營過程具有特殊性，監管部門的監管具有特殊性。其資產的流動性與支付能力的好壞，直接影響到國家金融秩序的'穩定，必須加強對其銀行賬戶的管理。人民銀行須制定《金融機構銀行賬戶管理辦法》，堅持備付金(含同業往來)賬戶與費用賬戶分開的原則，強化賬戶管理;金融機構開立費用賬戶必須向人民銀行申報、核准，備付金賬戶必須向人民銀行備案;備付金賬戶必須在人民銀行開戶，因清算需要可以在商業銀行開立若干同業往來賬戶，備付金賬戶、同業往來賬戶不得凍結;費用賬戶只能一個商業銀行開立一個基本存款賬戶，因基本建設特殊需要可以開立輔助或專用存款賬戶。
5.單位定期存款賬戶的管理
以單位定期存款賬戶為存款人的專用存款賬戶，考慮定期存款與活期存款在管理上的差異性和特殊性，可不實行核准制度，由商業銀行每日最遲次日上午向人民銀行申報當日新開立與到期的存款人定期存款賬戶資訊，內容包括存款人名稱、組織機構程式碼、開戶銀行、質押情況等。
6.存款人異地銀行賬戶的管理
隨著“網上支付”業務的發展，“網上銀行”的出現，存款人異地開戶將會越來越多。《銀行賬戶管理條例》應有一定的前瞻性與超前性，應對存款人異地開戶的管理作出規定。總的原則應是允許異地開戶，但要強化管理。存款人異地開戶，應按屬地原則向當地人民銀行申報、核准，核發開戶證，同時須向開戶銀行所在地人民銀行申報賬戶資訊，納入其賬戶管理資料庫。
