資源環境審計工作的開展不僅能夠促進審計監督的全面覆蓋，而且是國家全面建設小康社會的重要基礎。基層審計機關要高度重視資源環境審計，在工作中要突出專案、責任、資金和政策四個重點，並積極整合審計資源、創新審計手段、加強審計隊伍建設，才能解決審計工作中出現的問題，保證資源環境審計工作的順利開展。
一、把資源環境審計融入財政審計之中
要想推進資源環境審計工作的全面開展，審計機關要充分利用財政審計的格局，將資源環境審計工作融入財政審計中，並嚴格關注各部門執行環保政策的情況，從而揭露地方部門在執行環保政策過程中的問題。其次，審計機關還要審查部門是否有盲目追求經濟增長、大肆破壞環境的問題，檢查部門在環境治理方面的預算，並關注部門籌集和分配資源財政資金的具體明細，只有這樣，基層審計機關才能從整體上了解地方部門的環境治理資金狀況，從資料中找出部門工作過程中不合理、不正確的地方。另外，審計機關還要積極跟進地方部門預算執行情況，檢查地方部門在進行環境治理的`過程中是否存在不利於環境治理或疏忽的問題，所執行的環保措施是否有成效，是否存在走馬觀花，形式主義的問題。基層審計機關要嚴格執行將資源環境審計融入地方部門財政審計中的工作方法，通過財政審計來促進各部門貫徹國家資源保護的政策方針，從而實現可持續發展。
二、以民生審計推動資源環保政策落地
資源環境的保護和治理與民生髮展有著密切的聯絡，而民生審計是促進國家資源環保政策落地的重要手段，審計機關要嚴格遵守“統籌規劃、因地制宜”的原則，保護森林、土地等重要自然資源的正常開發和利用，並嚴格督查，及時發現百姓濫砍濫伐和過度種植的情況，以及民間非法轉讓、出售的違規現象。在民生審計過程中，基層審計機關要堅持縱向到底的工作辦法，從地方機關的政策要求，到部門制定的預算安排和資金撥款一路追蹤環境保護專案，詳細審查環境保護流程中的每一個環節，並及時發現情況，核實每一筆資金的流向和使用情況，從而促進當地政府部門對資金加強管理，嚴抓涉及民生的專案，讓民眾真正享受到環境保護的福祉。
三、以經濟責任審計落實資源環境責任
黨和國家將自然資源納入了經濟責任的範疇，提出要審查幹部執行生態環境建設和資源管理保護的職責情況。審計機關要對領導幹部的工作進行審查，及時發現因為部門領導的執行不當、管理不力或決策失誤而造成的環境問題，從而科學客觀地評價幹部在地方執政及履行經濟責任時的表現，這種將經濟責任落實到資源環境責任的方法，能夠充分提高領導幹部的警覺性，防止少數幹部濫用私權，以破壞環境的形式來得到個人私利，確保資源環境保護的執行權、監督權和決策權彼此獨立，並相互制約和監督，在增強領導幹部自覺為民服務意識的同時，加大資源環境建設的力度，促進可持續發展。
四、抓住投資審計的結合點
基層審計機關開展資源環境審計工作的方法還包括抓住投資審計的結合點，從而有效提高當地政府投資專案的生態效益，從源頭上減少工程對環境的破壞，真正做到可持續發展，促進生態文明建設。審計機關要審查投資建設專案的總體規劃、立項審批和生產運營等環節是否嚴格遵守國家環保產業建設的原則，並審查專案建設的功能設計是否考慮到了自然環境的承受能力，使建設專案在總體上不偏離環境建設的大方向。其次，審計機關還要檢查專案環境汙染防治措施的落實情況，專案在建設過程中是否出現破壞環境的情況，以及在工程建設完畢後是否有合理的生態恢復措施。只有加強對投資專案建設的審計，審計機關才能真正做到資源環境審計工作高效化，提高地方投資專案的生態效益。
