任期經濟責任審計是直接針對經濟責任人的，而經濟責任人是一定條理的黨政機關領導幹部和企事業單位主要領導人員，其評價或結論直接影響任用或升遷問題，非常敏感。假如存在以權謀私，違紀違規或嚴峻經濟犯法問題，而審計結論中沒有反映出來，將給國家、社會和單位造成損失；大概雖不存在上述行為僅審計結論出錯，又會挫傷其工作積極性。這兩種情況均會使審計主體負擔風險和責任。
在任期經濟責任審計過程中，常常會發生下列風險：
l、法律、法規的不完善致使審計涉及的效益性和任期責任難以判斷。當前，我國有些法律法規出臺相對滯後，在審計過程中碰到新情況新問題時，出現無法可依的情況，使得有些問題難以認定。再者，一些地方和行業系統的“土政策”與國家法律法規不相一致，甚至出現“撞車”現象。在具體的操作中，假如根據國家法律、法規處理，被審計單位及被審計人員難以接受；假如按地方或行業系統規定處理，則可能存在明顯的有法不依的問題。特別是在認定被審計個人經濟責任時，將會處於僵持的境地。這些無疑都將加大審計風險。
2.故意識的舞弊行為和手法變幻使隱蔽性加強。在一般情況下，偶然識的財務、會計資訊資料差錯較容易發現，也容易改正，影響較小。而故意識的舞弊手法隱蔽性較強，甚至隱含著嚴峻的經濟犯法問題，審計人員難以發現，其所產生的影響較大，所帶來的審計責任更大。
3、機關單位與三產關係的複雜化，含有很多不穩定因素。有些黨政機關在前幾年興辦了一些經濟實體，至今沒有完全脫離機關的管理，在經濟上存在一定的連累或保持著緊密聯絡。
4.任期經濟責任審計物件和審計物件所在單位的複雜性和審計內容的廣泛性使得內審部門難以做出全面、客觀、公道的評價。任期經濟責任審計物件是所屬單位領導幹部，其經濟責任是與其所在單位情況聯絡在一起的，對所在單位的財政財務收支和有關經濟情況搞不清，就難以進行經濟責任評價；而對個人經濟責任進行評價又需要界定清楚個一人責任？界定個人經濟現任又涉及到歷史的與實際的、主觀的與客觀的、自主決議與集體決議以及環境等因素，個人經濟責任難以正確界定清楚，其中自然包羅較大的審計風險。
5.受審計環境的影響。（1）法律規定內審部門在一定的`程度上獨立行使審計監督權，但內審部門在業務上需接受上級審計機關指導，而在行政上受單位行政首長領導，這種雙重領導體制使得內審部門在某些方面很難做到獨立依法審計監督。（2）內審部門根據單位內部組織人事部門要求，在規定的時間內完成任期經濟責任審計任務，若審計期間太短，則一定影響審計任務的完成，從而影響審計質量。（3）內審部門與單位內部組織人事和其他幹部管理部門還沒有建立起穩定的協調協作關係。對所屬單位領導人員的任期經濟責任審計，往往是先離任並任命，後審計，使審計工作處於被動局面，甚至造成有些問題無法進行審計。
6.審計人員自身因素導致的審計風險。在當前的審計隊伍中，具備政治素質和業務素質“雙高”的人才還偏少，審計人員知識結構單一，難以勝任新經濟形勢下的新任務。一是審計方法較原始，抽樣方法應用缺乏經驗；二是取得的證據不全、不充分，經不起推敲，只有經審計人員表明才華明白，假如進人行政訴訟程式，便難以有效；三是有時審計組不按規定認定賬外費用及潛虧事實，即根據被審計人和被審計單位意見馬虎出具報告，不免形成審計風險。
內審部門作為單位的一個部門，必須接受單位負責人的領導，與國家審計機關或社會審計機構相比，其獨立性較弱，這就使得其在一定程度上不能根據審計作業紀律處理所碰到的各種複雜的審計事務，對審計範圍和審計重點簡直定及得當審計程式的選擇造成一定的影響，從而給審計結論帶來風險。
從總體上來看，上述審計風險的各種表現不外乎內部因素形成的風險和外部因素形成的風險這兩個方面。內部因素是主動的，外部因素是被動的，要消除和降低這些審計風險，就必須存眷內部因素的引導、改革和轉化，使其成為防備審計風險的積極因素。
