一、疫苗病原的選擇
血清型或菌群型別選擇很多疫苗都有多種血清型或菌群型別，必須選擇適合本地區的血清型或菌群，才能起到免疫保護作用，如高致病性禽流感有h5、h7等血清型，但目前的h5n2疫苗對水禽的免疫效果差，基因重組苗h5n1則效果比較好，至於禽流感——新城疫重組二聯活疫苗和禽流感重組雞痘病毒載體疫苗（h亞型）等新疫苗有待進一步試驗和推廣；口蹄疫有7個血清型、80多個亞型，且新的亞型在不斷出現，各型間互不交叉保護，我國現階段必須免疫o型口蹄疫，部分地區同時免疫亞洲Ⅰ型；豬鏈球菌有c、d、e、l、r群，如果本地沒有發生或受r群威脅的，建議不必接種此疫苗，以免造成毒株擴散。
疫苗毒株選擇某些快大型肉雞場為了減少使用疫苗的次數，首次免疫則選用中等偏強毒力的傳染性法氏囊病疫苗、新城疫Ⅰ系疫苗，這樣很容易造成病毒毒力增強和病毒擴散的危險，甚至導致雞群死亡；對強毒型的疫苗使用更要非常慎重，如強毒型傳染性喉氣管炎疫苗；個別場因引種或交流，感染了非本地流行毒株的疫病，本地流行毒株疫苗不能產生良好的保護作用，因此要著重注意引種問題，選擇良好的種場進苗。
病原之間的干擾作用同時免疫兩種或多種弱毒苗往往會產生干擾現象，如同時免疫傳染性法氏囊和新城疫疫苗、傳染性支氣管炎疫苗和雞新城疫疫苗等，兩種疫苗之間會有一定的干擾作用，因此免疫多種疫苗時要適當間隔一定時間。
弱毒苗和滅活苗的選擇國家為防制重大人畜共患病如口蹄疫等，規定只能使用滅活苗的，廠家和地方不準生產和使用弱毒苗，以免造成病毒擴散或返祖現象。對有些畜禽場選擇使用“自家組織苗”的，要千萬做好病料組織的滅活，否則，一旦滅活不好，將是毀滅性的損失。
抗原變異致病病原在機體內增殖過程中發生變異，致使針對此病原的疫苗所產生的抗體不能夠有效地殺死變異抗原，變異病原大量傳染，從而造成免疫失敗。有待政府和科研機構及時掌握新的病原，研製出新的疫苗。
二、疫苗的質量
疫苗的效價疫苗接種後在機體內有繁殖或釋放過程，因此，疫苗必須含有足夠量的有活力的病原才能達到免疫效果。如豬瘟兔化弱毒株的免疫，育肥豬至少接種4頭份/頭豬以上，最好是5～8頭份/頭豬；如果使用豬瘟脾淋苗或脾苗則效果更加確切。實踐證明，h5n2禽流感疫苗對水禽的免疫不理想，檢測抗體合格率很低，所以只免疫一次禽流感滅活疫苗對120日齡才出欄的生長週期長的`江西雞等雞種的後期抗體合格率也很不理想，保護力達不到四個月，必須至少免疫兩次才比較有效。
儲存不合理導致疫苗效價降低因儲藏溫度、運輸條件、疫苗稀釋後的儲存溫度和使用時間過長等，都會導致疫苗失效。忽視低溫儲存的現象很普遍，值得加倍重視，如凍幹疫苗需在0～－20℃儲存，尤其適宜－15℃以下；油乳劑疫苗和鋁膠劑疫苗則應避免凍結，適宜溫度為2～8℃；再如很多小型養殖戶都把禽流感等滅活油苗放置牆角，甚至有的疫苗廠家和疫苗經銷商都沒有低溫運輸滅活油苗，因此，由於集中堆放發熱或外界溫度較高，很容易導致油苗失效。
佐劑應用不合理給豬群注射不含佐劑或含一般佐劑的滅活苗（包括油苗），不能引起腸道、呼吸道、生殖道等黏膜免疫，只有使用弱毒苗或高效佐劑的滅活苗，才可引起細胞免疫和黏膜免疫。例如，有的國外公司生產的豬喘氣病滅活菌苗就可引起細胞免疫，起到良好的保護作用，而有的國產疫苗的效果較差；滅活細菌苗通常用鋁膠做為佐劑，也有報道稱，用蜂膠做為佐劑，免疫原性更好。
多聯、多價疫苗一種疫苗的種類越多，其效價就越低。比如應用犬五聯疫苗預防狂犬病，就不如單聯狂犬病疫苗免疫效果好。
三、疫苗的使用
免疫方法肌注免疫時，為加快速度或給豬牛等大動物免疫（不易靠近），出現人為“飛針”現象，疫苗沒有注射進去或從注射孔流出。免疫口蹄疫油乳劑苗時應該深部肌肉注射，能得到更好的免疫。家禽皮下注射的部位一般選在頸部背側或腿根部，肌肉注射部位一般選在胸肌或肩關節附近的肌肉豐滿處；
滴鼻滴眼免疫時，疫苗未能進入眼內、鼻腔或流到外面；
飲水免疫時，免疫前未限水或飲水器內加水量太多，使配製的疫苗未能在規定時間內飲完，疫苗稀釋後時間太長導致疫苗失效。另外就是飲水器要充足，使禽群中2/3以上的禽只同時有飲水的位置；
接種途徑不正確，如雞痘疫苗只適合刺種，傳染性喉氣管炎適合滴眼免疫，新城疫Ⅰ系苗則適合肌肉注射免疫，而有的養殖戶為了圖省事，將以上疫苗直接飲水免疫，導致免疫效果較差。
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