1.財務報表本身的侷限性
財務報表是公司會計系統的產物。每個公司的會計系統，受到會計環境和公司會計戰略的影響，使得財務報表會扭曲公司的實際情況。
會計的環境因素包括會計規範和會計的管理、稅務與會計的關係、外部審計、會計爭端處理的法律系統、資本市場結構、公司治理結構等。這些因素是決定公司會計系統質量的外部因素。會計環境的缺陷會導致會計系統的缺陷，使之不能反映公司的實際狀況。會計環境的重要變化會導致會計系統的變化，影響財務資料的可比性。例如，會計規範要求以歷史成本報告資產，使財務資料不代表其現行成本或變現價值;會計規範要求假設幣值不變。使財務資料不按通貨膨脹率或物價水平調整;會計規範要求遵循謹慎原則，使會計預計損失而不預計收益，有可能少計收益和資產;會計規範要求按年度分期報告，只報告短期資訊，不提供反映長期潛力的資訊等。
會計戰略是公司根據環境和經營目標做出的主觀選擇，各公司會有不同的會計戰略。公司會計戰略包括決定會計政策的選擇、會計估計的選擇、補充披露的選擇以及報告具體格式的選擇。不同的會計戰略會導致不同公司財務報告的差異，並影響其可比性。例如，對同一會計事項的賬務處理，會計準則允許使用幾種不同的規則和程式，公司可以自行選擇，包括存貨計價方法、折舊方法、對外投資收益的確認方法等。雖然財務報表附註對會計政策的選擇有一定的表述，但報表使用人未必能完成可比性的調整工作。
由於以上兩方面的原因，使得財務報表存在以下三方面的侷限性：(1)財務報告沒有披露公司的全部資訊，管理層擁有更多的資訊，得到披露的只是其中的一部分;(2)已經披露的財務資訊存在會計估計誤差，不一定是真實情況的準確計量;(3)管理層的各項會計政策選擇，使財務報表會扭曲公司的實際情況。(考試可能性大)
2.財務報表的可靠性問題
只有根據符合規範的、可靠的財務報表， 才能得出正確的分析結論。所謂“符合規範”。是指除了以上三點侷限性以外，沒有更進一步的虛假陳述。外部分析人員很難認定是否存在虛假陳述，財務報表的可靠性問題主要依靠註冊會計師解決。但是，註冊會計師不能保證財務報告沒有任何錯報和漏報，而且並非所有註冊會計師都是盡職盡責的。因此，分析人員必須自己關注財務報表的可靠性，對於可能存在的問題保持足夠的警惕。
外部的分析人員雖然不能認定是否存在虛假陳述，但是可以發現一些“危險訊號”。對於存有危險訊號的報表，分析人員要進行更細緻的考察或獲取有關的其他資訊，對報表的可靠性做出判斷。
常見的危險訊號包括：
(1)財務報告的形式不規範。不規範的.報告其可靠性也應受到懷疑。要注意財務報告是否有遺漏，遺漏違背充分披露原則，很可能是不想講真話引起的;要注意是否及時提供財務報告，不能及時提供報告暗示公司當局與註冊會計師存在分歧。
(2)要注意分析資料的反常現象。 如無合理的反常原因，則要考慮資料的真實性和一貫性是否有問題。例如：原因不明的會計調整，可能是利用會計政策的靈活性“修飾”報表;與銷售相比應收賬款異常增加，可能存在提前確認收入問題;報告收益與經營現金流量的缺口增加，報告收益與應稅收益之間的缺口增加，可能存在盈餘管理;大額的資產沖銷和第4季度的大額調整。可能是中期報告有問題，年底時受到外部審計師的壓力被迫在年底調整。
(3)要注意大額的關聯方交易。這些交易的價格缺乏客觀性，會計估計有較大主觀性，可能存在轉移利潤的動機。
(4)要注意大額資本利得。在經營業績不佳時，公司可能通過出售長期資產、債轉股等交易實現資本利得。(考試可能性大)
(5)要注意異常的審計報告。無正當理由更換註冊會計師，或審計報告附有保留意見，暗示公司的財務報告可能粉飾過度。
3.比較基礎問題
在比較分析時必然要選擇比較的參照標準，包括本公司歷史資料、同業資料和計劃預算資料。
橫向比較時需要使用同業標準。同業的平均數只有一般性的指導作用，不一定有代表性，不是合理性的標誌。選一組有代表性的公司求其平均數，作為同業標準，可能比整個行業的平均數更有意義。近年來，更重視以競爭對手的資料作為分析基礎。不少公司實行多種經營，沒有明確的行業歸屬，同業比較更加困難。
趨勢分析以本公司歷史資料作比較基礎。歷史資料代表過去，並不代表合理性。經營環境是變化的，今年比上年利潤提高了，不一定說明已經達到應該達到的水平，甚至不一定說明管理有了改進。會計規範的改變會使財務資料失去直接可比性，要恢復其可比性成本很大，甚至缺乏必要的資訊。
實際與計劃的差異分析，以計劃預算做比較基礎。實際和預算出現差異，可能是執行中有問題，也可能是預算不合理，兩者的區分並非易事。
總之，對比比較基礎本身要準確理解，並且要在限定意義上使用分析結論，避免簡單化和絕對化。
