城市棚戶區改造通過市場化運作，以房地產開發的方式進行改造。首先由政府劃定棚戶區改造地塊，然後通過招投標等方式選擇房地產開發企業。房地產開發企業負責回遷房建設，剩餘土地由房地產開發企業自行建設商品房。那麼棚戶區改造審計的重點在哪些方面呢?
一是在資金籌集環節，
全面掌握城市棚戶區改造專案各項資金來源和規模，包括中央預算內資金、地方配套資金、地方發行債券資金、信貸資金等。審查政策融資平臺公司是否存在通過虛估投資額、編造虛假材料等方式以棚戶區改造專案名義騙取銀行貸款和企業債券融資。
二是在資金管理和使用環節，
重點審查主管部門和專案單位是否做到專款專用，重點揭示套取、騙取、截留、擠佔挪用、拆借、私設“小金庫”、虛列支出、滯撥、平衡財政預算、公款私存、多頭開戶等方面的問題;重點揭示虛報冒領、騙取、挪用資金等方面的問題。稅費減免也是資金這條主線上的重點，應重點審查稅務、電力、通訊、市政、銀行等部門，是否存在稅費減免、優惠利率不到位等方面的問題，揭示稅費減免的背後是否存在專案單位利益輸送、弄虛作假和失職瀆職問題。
三是在規劃編制環節，
重點審查是否存在超出棚戶區改造政策範圍及棚戶區改造規劃是否落實到具體專案中，揭示審批人員由於濫用權、違規操作以及錢權交易等原因將修建樓堂館所、工業廠房搬遷、城市道路拓展、歷史街區保護、文物修繕等帶來的房屋拆遷改造專案和其他不符合棚戶區界定標準和改造範圍的專案納入棚戶區改造範圍，從而違規享受優惠政策的問題。同時揭示獨立工礦區、三線企業、資源枯竭型城市、採煤沉陷區、國有工礦企業、農墾、林區等型別的.棚戶區，由於缺乏統籌協調、政策標準不一致、資金不足等原因，未納入當地棚戶區改造範圍而無法享受優惠政策的問題。審查棚戶區改造專案目標責任書內的專案基本建設程式的真實性、完整性、合規性。審查是否存在先報專案，再履行各項基本建設程式問題。重點關注部分開發企業在棚改專案建設過程中，在未取得規劃許可、開工許可，未辦理劃撥用地和出讓土地手續等情況下就匆匆上馬。關注專案擅自簡化基本建設程式、擅自變更批准的專案規模和用途等問題。
四是在實施進展環節，
重點審查已安排的棚戶區改造專案未按計劃啟動、進展緩慢或停滯等問題，並進一步分析進展中存在的困難與問題，重點揭示規劃設計不科學、決策失誤、工作失職等方面的問題。審查棚戶區改造專案目標責任書內的專案基本建設程式的真實性、完整性、合規性。審查是否存在先報專案，再履行各項基本建設程式問題。重點關注部分開發企業在棚改專案建設過程中，在未取得規劃許可、開工許可，未辦理劃撥用地和出讓土地手續等情況下就匆匆上馬。關注專案擅自簡化基本建設程式、擅自變更批准的專案規模和用途等問題。
五是在徵收補償和安置待遇落實環節，
重點審查拆遷補償款是否按規定標準落實到位，拆遷公司所取得的拆遷安置資格是否符合規定，重點揭示私營企業和個人通過虛報工程量、虛報拆遷面積等各種不正當手段取得拆遷安置資格，騙取徵收補償款和安置住房，開發商拖延建設安置住房、坑騙回遷戶、侵害棚戶區改造物件合法權益，專案單位以擴大保障範圍、亂髮津貼補貼等方式違規處置安置住房和使用補償、補助資金等問題。
六是關注安置房建設質量及配套設施建設情況問題。
重點關注安置住房的建設質量及配套設施完善情況，審查開發企業在棚戶區改造專案建設過程中，是否存在採取偷工減料、以次充好、擅自修改工程設計、不按工程設計圖紙和施工技術標準施工等手段牟取暴利，工程質量存在嚴重安全隱患;是否存在從事保障性住房工作的有關人員與建築企業勾結導致房屋質量差，損害國家和群眾利益的行為;是否存在安置房配套設施不完善、地址偏遠、交通不便等問題。
