一、負責建立健全環境保護基本制度，環境保護工作職責。擬訂並組織實施國家環境保護政策、規劃，起草法律法規草案，制定部門規章。組織編制環境功能區劃，組織制定各類環境保護標準、基準和技術規範，組織擬訂並監督實施重點區域、流域汙染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃，按國家要求會同有關部門擬訂重點海域汙染防治規劃，參與制訂國家主體功能區劃。
二、負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重特大環境汙染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調地方政府重特大突發環境事件的應急、預警工作，協調解決有關跨區域環境汙染糾紛，統籌協調國家重點流域、區域、海域汙染防治工作，指導、協調和監督海洋環境保護工作。
三、承擔落實國家減排目標的責任。組織制定主要汙染物排放總量控制和排汙許可證制度並監督實施，提出實施總量控制的汙染物名稱和控制指標，督查、督辦、核查各地汙染物減排任務完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公佈考核結果。
四、負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，按國務院規定許可權，審批、核准國家規劃內和年度計劃規模內固定資產投資專案，並配合有關部門做好組織實施和監督工作。參與指導和推動迴圈經濟和環保產業發展，參與應對氣候變化工作。
五、承擔從源頭上預防、控制環境汙染和環境破壞的責任。受國務院委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價，對涉及環境保護的法律法規草案提出有關環境影響方面的意見，按國家規定審批重大開發建設區域、專案環境影響評價檔案，管理制度《環境保護工作職責》。
六、負責環境汙染防治的監督管理。制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的汙染防治管理制度並組織實施，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的'環境綜合整治工作。
七、指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。指導、協調、監督各種型別的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作，協調和監督野生動植物保護、溼地環境保護、荒漠化防治工作。協調指導農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，牽頭生物物種(含遺傳資源)工作，組織協調生物多樣性保護。
八、負責核安全和輻射安全的監督管理。擬訂有關政策、規劃、標準，參與核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理工作。監督管理核設施安全、放射源安全，監督管理核設施、核技術應用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的汙染防治。對核材料的管制和民用核安全裝置的設計、製造、安裝和無損檢驗活動實施監督管理。
九、負責環境監測和資訊釋出。制定環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和汙染源監督性監測。組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理國家環境監測網和全國環境資訊網，建立和實行環境質量公告制度，統一發布國家環境綜合性報告和重大環境資訊。
十、開展環境保護科技工作，組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，推動環境技術管理體系建設。
十一、開展環境保護國際合作交流，研究提出國際環境合作中有關問題的建議，組織協調有關環境保護國際條約的履約工作，參與處理涉外環境保護事務。
十二、組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作，制定並組織實施環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
十三、承辦國務院交辦的其他事項。
