在出具審計報告前，註冊會計師應完成所有必要的審計程式，取得充分、適當的審計證據並得出適當的審計結論。由此，在審計報告日後將審計工作底稿歸整為最終審計檔案是一項事務性的工作、不涉及實施新的審計程式或得出新的結論。
如果在歸檔期間對審計工作底稿作出的變動屬於事務性的，註冊會計師可以作出變動，主要包括：
1.刪除或廢棄被取代的審計工作底稿；
2.對審計工作底稿進行分類、整理和交叉索引；
3.對審計檔案歸整工作的完成核對錶簽字認可；
4.記錄在審計報告日前獲取的`、與審計專案組相關成員進行討論並取得一致意見的審計證據。
審計工作底稿通常不包括已被取代的審計工作底稿的草稿或財務報表的草稿、對不全面或初步思考的記錄、存在印刷錯誤或其他錯誤而作廢的文字，以及重複的檔案記錄等。由於這些草稿、錯誤的文字或重複的檔案記錄不直接構成審計結論和審計意見的支援性證據，因此，註冊會計師通常無需保留這些記錄，在審計工作底稿歸檔時予以清理。
歸整審計檔案時，有些會計師事務所將審計檔案分為永久性檔案和當期檔案。這一分類主要是基於具體實務中對審計檔案使用的時間。
1.永久性檔案。永久性檔案是指那些記錄內容相對穩定，具有長期使用價值，並對以後審計工作具有重要影響和直接作用的審計檔案。例如，被審計單位的組織結構、批准證書、營業執照、章程、重要資產的所有權或使用權的證明檔案影印件等。若永久性檔案中的某些內容已發生變化，註冊會計師應當及時予以更新。為保持資料的完整性以便滿足日後查閱歷史資料的需要，永久性檔案中被替換下的資料一般也需保留。例如，被審計單位因增加註冊資本而變更了營業執照等法律檔案，被替換的舊營業執照等檔案。可以彙總在一起，與其他有效的資料分開，作為單獨部分歸整在永久性檔案中。
2.當期檔案。當期檔案是指那些記錄內容經常變化，主要供當期和下期審計使用的審計檔案。例如，總體審計策略和具體審計計劃。
