目前認為上述誘因導致自身免疫的形成是通過多種機制而實現的。不同情況下由不同機制起主要作用，有時也可能由幾種機制同時或先後起作用。
一、禁忌株突變
通過體細胞突變可能產生被Burnet稱為禁忌的細胞株。使在正常情況下已遭克隆清除的自身反應性T.B細胞再現。
二、T、B細胞活化訊號的出現
正常人體記憶體在一些自身反應性T.B細胞克隆，因缺乏足夠的啟用訊號而處於無應答狀態(失活或靜止狀態)。一旦獲得足夠的啟用訊號，便可產生正相應答。
現有實驗證明，在某些自身免疫病中受累器官細胞表面，或是出現了原先不表達的DR/I-A抗原，或是DR/IA的抗原較原先表達增多。病毒感染導致自身免疫病的可能機制是通過機體釋放的淋巴因子，如IFN-r和IL-1等。使得原先不表達MHC-Ⅱ類抗原的組織細胞出現DR/I-A抗原。同種免疫可以誘匯出自身免疫，可能亦與此機制有關。例如造成GVH病動物體內角質細胞表面表達I-A抗原，I-A陽性T細胞增加。這些質和量改變的MHCⅡ類抗原可激發自身免疫反應。實驗證明，注射抗H-21區抗原的抗體可預防或減弱小鼠實驗性重症肌無力、腦脊髓和Ⅱ型膠原性關節炎等。
三、B細胞被多克隆啟用
在T細胞處於耐受的情況下，用B細胞多克隆啟用劑直接刺激B細胞，可導致自身抗體的產生。例如，給小鼠注射LPS與自身抗原並用，則可導致特異性自身抗體生成。甲狀腺球蛋白與LPS合用可誘發抗甲狀腺球蛋白特異抗體。
四、TH細胞旁路啟用
此學說的基本觀點是機體對某些自身抗原的耐受性僅是由於T細胞處於耐受狀態，使B細胞缺少輔助訊號而不能有效地活化。一旦通過旁路機制獲取T細胞輔助訊號，B細胞即可活化，產生自身抗體
佐劑、病毒、細胞產物、以及某些藥物具有非特異地啟用T、B細胞的作用(多克隆啟用)，它們誘發自身免疫的機制可能就是通過替代因子的旁路作用，繞過耐受的T細胞，使B細胞活化。
T細胞旁路機制不但可誘導自身抗體生成，也能引起細胞介導的自身免疫性損傷，如實驗性變態反應性腦脊髓炎。甲狀腺炎等。
五、自身反應克隆脫抑制
TS細胞能抑制自身反應細胞的啟用，TS細胞數量或功能降低，TH和(或)TCS細胞數量增多或活躍，使自身反應細胞發生脫抑制而功能亢進，都可導致自身免疫的發生。
早期系統的實驗資料曾對SLE樣綜合徵自發品系NZB及NAB/NZW小鼠自出生後逐月進行免疫功能檢測。從時間順看，這種動物體內最早出現的是T細胞調節功能紊亂，約在出生後1個月，動物血清中胸腺激素活性下降，TS細胞功能減退。T細胞對誘導免疫耐受呈抵抗，然後再出現B細胞功能亢進。接近3月齡時，血清中才出現抗核抗體、抗淋巴細胞表面抗體及其他抗血細胞抗體等多種自身抗體。
受動物實驗啟示，臨床免疫工作者測定各種自身免疫病患者外周血T細胞亞群變化，也發現類似變化。應用抗T細胞分化抗原單克隆抗體測定時，發現SLE和類風溼關節炎患者在病性活動期，TS細胞比例下降，用Con A在體外刺激病人淋巴細胞不誘發非特異的TS細胞。
六、獨特型網路啟用
獨特型-抗獨特型的相互作用極為複雜。在不同的`條件下，對自身免疫產生不同的調節作用，有時抑制(自身耐受)，有時增強。外來或體自身抗原均可通過此網路活化而造成自身免疫。根據獨特型網路的基本理論，有以下幾種可能性：
1.針對抗原(細菌、病毒、激素等)所產生的抗體，具有與自身細胞膜抗原相似或相同的決定簇，故其所激發的抗獨特型抗體能與自身細胞表面抗原結事(圖16-3a)。已有實驗證據揭示這種可能性的存在，如小鼠注射胰島素後所產生的抗體能進一步誘發生成抗獨特型抗體。這種抗體不僅能與激發抗體結合，也能與胰島素受體結合，造成胰島素抵抗型糖尿病。
2.抗微生物抗體本身可能就是一種抗自身抗體的抗獨特型抗體，它能啟用具有獨特表位的自身的反應性B細胞。
