1、經營物件不同。
資本運作的物件是企業的資本以及運動，側重的是企業經營過程的價值方面，追求價值的增值。而商品經營的物件則是產品以及生產銷售過程，經營的基礎是廠房、機器裝置、產品設計等，側重的是企業經營過程的使用價值方面。
2、經營領域不同。
資本運作主要在資本市場上運作(資本市場包括證券市場和非證券的產權交易市場等)。而企業的商品經營涉及的領域主要是產品的生產技術、原材料的採購和產品的銷售，主要是在生產資料市場、勞動力市場、技術市場和商品市場上運作。
3、經營方式和目的不同。
商品經營的方式和目的是通過商品銷售或提供勞務，實現利潤的最大化。資本運作的方式和目的是通過產權的流動和重組，提高資本運營效率和效益。
4、經營導向不同。
商品經營較多地受價格訊號的控制。資本運作主要受資本市場的制約和資本回報率的限制。
5、經營風險不同。
商品經營的企業生存和發展維繫在一個或多個產品上，如市場需求發生變化，則會直接影響企業的生存和發展。資本運作的企業則把生存和發展建立在一個或多個產業上，並不斷髮現新的經濟增長點，及時退出風險大的產業，規避風險。
6、企業的發展方式不同。
商品經營的.企業主要依賴企業自身的積累，通過創造更多的利潤並使之轉化為資本，增加生產要素和生產能力而獲得發展。而資本運作不但注重企業自身的內部積累，更重要的是通過資本外部擴張的方式，使企業快速擴張，發展壯大。
資本運作和商品經營是是企業經營相輔相成的兩個方面，應當有機地結合起來。商品經營始終是企業運作的基本形式，也是資本運作的基礎;資本運作並不能取代商品經營，它通過對生產要素的有效配置，能夠擴大企業市場份額，產生規模效益，拓寬經營領域，降低經營風險。
