所謂上市公司治理結構是指公司以實現股東權益最大化為目的,由公司財產所有者、決策者、經營者、監督者,通過股東會、董事會、經理層、監事會、股票市場等形式,在公司終極所有權、法人所有權、經營權、監督權之間形成的互相制衡的制度規定和執行機制。由於以下治理結構原因，我國上市公司治理效率相對較低。
一、股權設定不規範
由於中國上市公司大多由國有企業改制而來,因而在改造國有企業設定相應股權時,一方面要考慮原國有企業的投資主體, 另一方面,還要考慮個人與外商作為投資主體參與股市投資的積極性。出於歷史因素和現實因素或者說資產存量因素和資產增量因素的考慮,中國公司採用了按投資主體設定股權的方法。同時,由於國有企業由國家投資形成,因而對其財產進行股權設定時,就必須將其界定為國有性質;再考慮到企業經營對國有資產增值的貢獻,又可將部分資產界定為集體所有,形成集體性質的股權;至於個人與外商投資,則因產權主體十分明確,自然也就形成了私有股權和外資股權。在這種股權設定方法制約下,中國上市公司股權在設定之時,便自然強化了股權的所有制屬性界定, 而相應淡化了股權所應具備的權利和應承擔的義務。
二、股權結構不合理
中國出於對公有制經濟地位的保護,將上市公司的來源主要框定為國有企業的股份制改造,而且在上市公司的股權結構中，又人為地將國有股置於控股地位。這實質上是股份經濟領域內所有制歧視的具體表現。這種人為因素造成的股權結構的不合理性主要表現在以下方面:①國家股所佔比例過高，個人股所佔比例過低。在中國上市公司的股權結構中，國家佔34.3%,法人股佔26.9%,社會公眾股佔24.1%,外資股佔11.4%,內部職工股佔2. 0%,其他佔1.31%。這裡有兩點需要注意:一是法人股中有相當部份屬於人們常說的國有法人股,因而國有股比例要高於34.3% 這個水平。二是社會公眾股主要由個人和法人待有，若按入市資金分析，個人持有的社會公眾股股份佔全部股份的比例僅為9. 6%, 加上內部職工持股，所佔比例僅為11.6%。②國家股、法人股在整體上佔據控股優勢前提下, 單個公司國家股、法人股又只為少數幾個國家股東或法人股股東所佔有，從而進一步加劇了股權集中度。
三、股權執行不統一
中國上市公司對股權進行的所有制屬性界定，給股權的相互融通造成了不可逾越的理論障礙和政策障礙;如果在現實中有所突破，促使股權互相轉化、互相融合,那就違背了按資主體設定股權的初衷。在此前提下，公司股權執行必然出於不統一狀態。從這些年的現實看，股權執行要麼處於凝固狀態，要麼處於分割狀態，就是這種股權設定方法的必然反映。所謂凝固狀態，就是指國家股一直束高閣。禁止進入市場參與流通，其執行一直處於封閉的、靜止的狀態，既無法通過市場交易獲得資本利得，也無法完全獲得收入利得(因為上市公司這些年的分紅派息大都採用了配股形式，國家股股東因缺乏資金無法參與配股，實際上便喪失了這部分收入)。所謂分割狀態，就是指法人股、個人股、外資股受其性質制約，都只能在彼此分割的市場交易。法人股只能在法人股市場即STAQ系統和NET系統交易，公開上市的個人股只能在上海、深圳證券交易所的A股市場流通,而外資股則只能在B股市場轉讓。股權執行的分割安排，使股票市場對公司的監控職能喪失殆盡。
四、委託代理關係中存在嚴重的逆向選擇和敗德行為
首先，逆向選擇十分普遍。政府直接控制公司董事長和經理人選。一方面為政府直接干預企業經營活動提供了條件;另一方面，又使公司代理關係中的逆向選擇處於經常狀態。這不僅可能因資訊不對稱造成逆向選擇，而且還可能因潛在經理人選與官員之間的尋租行為造成逆向選擇。可以說政府官員用自己的人出任經理在很在程度上就帶有逆向選擇的成分。當然，對於實施兩職分離。治理模式的'公司，也會因董事會與經理人員之間的資訊不對稱造成逆向選擇。其次，敗德行為相當嚴重。應當說明的是，對於上市公司是兩職分離模式抑式兩職合一模式，都不能予以簡單的肯定或否定。因為上市公司採用何種管理模式主要取決於股權結構安排和股票市場成熟程度。若是股權極度分散，股票市場比較發達，採用兩職合一模式也不會造成太大弊端;但若是股權高度集中，股票市場極不成熟，採用兩職合一模式，就不僅會造成公司代理效果的喪失，而且還會使內部人控制現象愈演愈烈。中國上市公司一方面是股權高度集中。另一方面，又面對著極不成熟的股票市場。在此情況下，普遍推行兩職合一模式，就勢必造成和強化內部人控制，產生嚴重的敗德行為。
五、激勵機制不完善
由於上市公司大多采用兩職合一模式，因而在激勵主體上也就大都表現為自己激勵自己，這無論在理論上還是在實踐上都是無法成立的事情，從而使激勵機制陷入十分混亂的狀態。首先，收入激勵機制不完善。經理人員收入與工作績效必須掛鉤，這是收入激勵機制的本質要求。而中國上市公司卻缺乏這樣的制度安排，經理人員收入確定基本上是由自己說了算，完全與工作績效相脫離。其次，在職消費激勵機制不完善。經理人員在職時的各項消費標準，諸如交通工具、辦公裝置、通訊裝置、接待費用等，也缺乏完善的制度規定,其運作也是處於混亂狀態。再次，產權激勵機制還處於起步階段。一方面，經理人員持有公司股份的比例比較低,另一方面,公司對經理人員也未引入股票期權制度加以激勵。
