醫院財務經濟活動與一般行政事業單位相比更為複雜，其涉及政策性強、業務量大、範圍廣、資料多，因此，越來越多的審計機關在安排年度專案計劃時，把醫院財務收支作為審計重點。在醫院審計中應重點關注的以下五個方面：
一是審查收費情況。
醫院收費直接關係到人民群眾的切身利益。目前，國家對藥品加價收費和醫療服務收費專案、標準作了明確具體的規定，審計人員應核對市屬公立醫院藥品、醫療服務專案收費標準的真實合規性，檢查醫院是否存在自立、分解或捆綁專案、超標準、超範圍、超數量、重複收費等違法違規行為。
二是審查負債情況。
隨著城市人口規模的不斷增長，病人持續增多，人們對醫療衛生需求多樣化與公立醫院超負荷運轉的矛盾日益突出，因此很多市屬公立醫院將新建擴建院區、加大醫療器械裝置購置作為擴大醫療規模，改善硬體設施的重要舉措。然而專案投入主要依靠醫院自籌資金解決，致使其負債額急速上升。審計人員應檢視市屬公立醫院負債的總體規模、結構和實際還本付息能力，瞭解市財政以及衛生主管部門的支援力度。
三是審查物資採購情況。
因為市屬公立醫院每年都有大量的物資採購，有些藥品、醫療器械經銷商為了佔有更多的市場份額，往往不擇手段，向醫院或醫院負責採購的有關人員提供各種形式的.回扣或變相優惠。因此，審計人員應檢查藥品、醫用耗材、材料和大型醫療裝置購置是否嚴格執行政府採購和公開招投標政策，檢視採購流程中申請、稽核、批准、採購、入庫、入賬等環節的執行過程，注意發現醫院或醫院的工作人員收取回扣，隱瞞轉移收入，甚至接索賄賂等違法違紀問題的線索。
四是審查工程專案建設管理情況。
因為原有市屬公立醫院主要集中於中心城區，佔地面積有限、功能佈局不夠合理，往往造成醫院效率降低，群眾就醫困難。因此近年來，一些醫院為拓寬發展空間，擴大醫療服務的覆蓋面，往往改擴建院區或新設分院，使得基建專案較多，維修工程頻繁。審計人員應檢查建造工程專案相關手續的完備性，基建投資是否存在超概算行為，有無管理不善、造成損失浪費等問題。檢查基建管理內控制度的健全性，醫院管理人員對專案建設過程中的重大設計變更、影響投資的簽證、監理及造價諮詢、施工單位考核管理等方面是否履行相應監督制約職能。
五是審查內控制度的健全性和有效性。
市屬公立醫院存在藥品、醫療器械、醫用耗材、後勤物資的保管及領用等大量的經濟活動。若這些經常性的活動沒有制度約束，就會給違法活動提供可乘之機。因此，審計人員應檢查上述物資的收發、領用流程的科學合規性，對相關內控制度進行符合性測試，檢視醫院對重大資金使用、醫療服務和藥品收費等是否制定了相應的管理辦法和資訊公示制度，相關法規的實際執行力如何。
