國稅發45號檔案規定，企業為全體僱員按國務院或省級人民政府規定的比例或標準補繳的基本或補充養老、醫療和失業保險，可在補繳當期直接扣除；財稅27號檔案規定，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受僱的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予扣除。那麼，如果企業只為少數個別職工支付補充養老保險費、補充醫療保險費而非全體，是否在計算應納稅所得額時准予稅前扣除？如可以，職工工資總額是全體職工的工資總額還是這些個別職工的`工資總額？
據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》規定：“第三十五條 ……。企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的範圍和標準內，准予扣除。”根據《財政部 國家稅務總局關於補充養老保險費 補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》規定：“企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受僱的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予扣除；超過的部分，不予扣除。”
根據上述規定，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受僱的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時准予稅前扣除。如果不是全體員工都參加補充保險，那麼就不能使用職工工資總額作為扣除基數。
