隨著各地獨立學院的快速發展，獨立學院已經成為三本中的絕對主力。發展多年的三本學校已經進入明顯的分層期。有華中科技大學武昌分校、浙江大學寧波理工學院、廈門大學嘉庚學院這樣錄取線比二本學校都高的三本名校，也有硬體不足，軟體欠缺，面臨招生困難的學校。
現實操作中，很多人選擇獨立學院時非常看重後臺母體高校，並根據母體學校的排名來選擇，這是一個極大的誤區。原因有三。
其一，儘管招聘會上某些單位在意學校比專業更普遍，但很多企業招聘時選三本學生並非看後臺，而是更看重專業。一家獵頭公司的負責人說，曾經有個企業，是做石油鑽井裝置的，他們有個專業，面比較窄，只有某獨立學院開設，學生自然就業很好。所以，他認為，選擇三本的話，找一些專業性強的專業可能更有優勢，企業會越來越看重專業以及學校人才培養時與企業的對接度。
其二，獨立學院有其獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立招生，獨立頒發學歷證書，獨立進行財務核算，獨立承擔民事責任。其獨立性體現在國家政策對獨立學院的認可，也體現在獨立學院自身的綜合性發展軌跡之中。
近年來，獨立學院開始轉設為獨立設定的民辦普通高校。專家們認為，這樣的轉化可以讓獨立學院擁有更多的發展機遇。根據規定，新轉設的民辦高校都具有獨立的校園，獨立的教學管理組織，生均佔地、生均行政用房、生均教學儀器裝置、生均圖書都達到了教育部規定的本科院校的設定條件。而且，轉設後擁有更大的辦學自主權，辦學經費更加充裕，專業設定、學科建設、人才引進更加靈活高效。
其三，很多獨立學院的母體學校有很深的行業背景，是行業辦學的產物，光憑大學排名很難體現。在大學改名之風日盛的今天，它們中的不少高校被脫去了行業特色，轉而披上了理工、科技、工業等有鮮明時代特色的.外衣。以至很多家長和考生提起這些學校，誤以為是一些地方學校合併、升格而成的高校。
別小看了這些聽起來很地方，實際上很有行業背景的大學。這些原來依託部委辦學的高校，都曾培養過一大批該領域的將才。即便近十年，這些院校有的一再被合併，有的改名，然而，多年累積的業內資源使它們在本領域光芒不減，有的還很有權威性和發言權，依然是業內老大。
三本學校定位於培養應用型本科人才，專業開設多以滿足地方經濟建設和發展的短線專業、熱門專業為主。對於學生自身而言，選擇三本學校，需要冷靜、客觀地分析一下我國經濟社會發展的形勢，選好學校與專業，以選專業為主，選學校為輔。
