財政部、國家稅務總局聯合頒佈《關於企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅[2009]60號)，對企業清算範圍、企業清算所得稅處理範圍、清算所得的計算等具體問題進行了明確。2009年7月17日，國家稅務總局頒佈《關於印發〈中華人民共和國企業清算所得稅申報表〉的通知》(國稅函[2009]388號)，釋出了企業清算所得稅申報表、附表及其填報說明。至此，企業清算業務所得稅的實體法規和操作都有了明確規定。與原政策相比，企業清算業務企業所得稅處理有四大變化，將對納稅人清算階段的所得稅處理產生很大影響，納稅人應予以關注。
統一了內外資企業清算所得定義
原政策下，內資企業清算所得是指納稅人清算時的全部資產或者財產扣除各項清算費用、損失、負債、企業未分配利潤、公益金和公積金後的餘額，超過實繳資本的部分。外資企業清算所得是其資產淨額或者剩餘財產減除企業未分配利潤、各項基金和清算費用後的餘額，超過實繳資本的部分。
財稅[2009]60號檔案規定，清算所得是指企業的全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等後的餘額。
我們可以將稅法規定的清算所得理解為企業的全部資產可變現價值或交易價格減除資產的計稅基礎、加上債務清償損益，減清算費用、相關稅費後，再加上其他所得或支出後的餘額。用公式表示為：
清算所得=資產處置損益+負債清償損益-清算費用-清算稅金及附加+其他所得或支出
可見，新政策下無論內外資企業，清算所得計算口徑是統一的。
清算所得計算原理改變
新政策提出可變現價值和交易價格的概念，導致清算所得計算原理的改變。財稅[2009]60號檔案第四條規定，企業的全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等後的餘額，為清算所得。雖然《企業所得稅法》沒有對可變現價值進行定義，但可以參照《企業會計準則》對可變現價值的定義，即資產的可變現淨值應按照其正常對外銷售所能收到的現金或者現金等價物的金額，扣減該資產至完工時估計將要發生的成本、估計的銷售費用以及相關稅費後的金額來計量。
原內外資企業清算時，雖然計算清算所得的公式不同，但原理是一致的，基本上採用淨資產原理。新政策關於清算所得的計算採用變現資產的原理，反映了清算所得的實質，有利於克服原來清算中的許多弊端和缺陷。例如，企業未經處置的房產，由於按歷史成本法核算，其固定資產淨值往往大大低於市場價格，清算時隱含的增值未實現，導致稅款流失。而新政策下企業清算時隱含的增值可以反映在清算所得裡，有利於防止稅款流失。
清算所得允許彌補以前年度虧損
以前的稅務處理中，將清算期作為作為一個特殊的納稅年度，因此，清算所得有獨立的.確認方法，不允許彌補經營期的年度虧損。企業通常的做法是儘快在清算開始日前處理相關業務，使其應納稅所得可以彌補以前年度的虧損。但由於急於處置財產，提前償還債務，清算所得就會被提前轉變為正常生產經營所得，給企業帶來法律風險和稅務風險。如低價轉讓財產、以明顯不合理的價格進行交易、對沒有財產擔保的債務提供財產擔保、對未到期的債務提前清償、放棄債權等行為，從法律上講，這些行為不符合破產法的規定，即使在清算日前處置，仍可能被列入清算財產範圍。
財稅[2009]60號檔案規定，清算所得在計算應納稅所得時，可以依法彌補虧損。從國稅函〔2009〕388號檔案中的企業清算所得稅申報表設計來看，彌補以前年度虧損也作為一個清算所得減項處理，符合稅收中性原則，可以減少對納稅企業清算行為的影響。
稅收優惠與清算業務不再絕緣
從國稅函[2009]388號檔案中的企業清算所得稅申報表來看，清算所得到應納稅所得額中間存在4個減項，即免稅收入、不徵稅收入、其他免稅所得和彌補以前年度虧損。除不徵稅收入和彌補虧損不屬於稅收優惠範疇外，免稅收入和其他免稅所得均屬於《企業所得稅法》第四章規定的稅收優惠範疇。
一般來講，企業清算期間，正常的產業和專案運營一般都已停止，企業取得的所得已是非正常的生產經營所得，企業所得稅優惠政策的適用物件已不存在，企業應就清算所得按稅法規定的基本稅率繳納企業所得稅，清算所得不適用《企業所得稅法》所規定的稅收優惠政策，包括小型微利企業、高新技術企業、重點軟體企業、技術先進型服務企業的優惠稅率，過渡期優惠稅率。而企業在經營期的經營或投資行為，為企業在清算期帶來的所得，應該仍然適用相關優惠政策。如清算期在未處置某項長期股權投資前，被投資方分配股息紅利，清算組確定了投資收益，該投資收益符合稅法規定的免稅條件，即使在清算期確認，仍屬於免稅收入。
