對註冊企業監督管理的方式包括：
1、日常監督管理
由檢驗檢疫機構派員對衛生註冊企業實施日常監督管理。
2、定期監督檢查
直屬檢驗檢疫局組織衛生註冊評審員對衛生註冊企業定期實施監督檢查。
(1)對肉類、水產、罐頭、腸衣類衛生註冊企業，每年至少組織一次全面監督檢查。
(2)對季節性出口產品的衛生註冊企業，應當按照生產季節進行監督檢查。
(3)對獲得國外衛生註冊的企業，應當至少每半年(或者生產季節)進行一次全面監督檢查。
(4)對其他衛生註冊企業，直屬檢驗檢疫局可視具體情況確定監督檢查次數。
3、換證複查
出口食品註冊企業應當在證書有效期滿前3個月向直屬檢驗檢疫局提出複查申請。合格的予以換證，不合格的或者未申請換證的.不予換證。
4、在對衛生註冊企業的監督管理過程中，有下列情形之一的，直屬檢驗檢疫局應當書面通知企業限期整改，並暫停受理其出口報檢，直至確認企業整改符合要求：
(1)發現有對產品安全衛生質量構成嚴重威脅的因素，不能保證其產品安全衛生質量的;
(2)經出口檢驗檢疫發現產品安全衛生質量不合格，且情況嚴重的。
5、在對衛生註冊企業的監督管理過程中，有下列情形之一的，吊銷其衛生註冊證書：
(1)有上述“監督管理”第4項所列情形，且在限期內未完成整改的;
(2)企業因原料、生產、加工、儲存內部管理等原因，其產品在國外出現衛生質量問題造成不良影響的;
(3)企業隱瞞出口產品安全衛生質量問題的事實真相，造成嚴重後果的;
(4)企業拒不接受監督管理的;
(5)借用、冒用、轉讓、塗改、偽造衛生註冊證書、註冊編號、衛生註冊標誌，或者本企業未註冊食品使用本企業註冊食品的註冊編號的。
被吊銷衛生註冊證書的企業，自收到吊銷通知書之日起1年內不得重新提出衛生註冊申請。
6、有下列情形之一的，視為企業的衛生註冊資格自動失效：(重要考點)
(1)衛生註冊企業的名稱、法人代表或者通訊地址發生變化後30日內未申請變更的;
(2)衛生註冊企業的生產車間改建、擴建、遷址完畢或者其衛生質量體系發生重大變化後30日內未申請複查的;
(3)1年內沒有出口註冊範圍內食品的
(4)逾期未申請換證複查的。
