縣本級財政預算執行審計，是地方審計部門每年計劃內的工作重點之一，其審計結論為地方政府及人大等相關部門直接重視，審計報告的質量也因而影響到政府對財政資金的科學排程和合理決策。那麼對於如何深入、透徹的搞好縣本級財政預算執行審計呢?
以貫徹執行財政政策為重點。
對於相關政策的深入瞭解和解讀，是每個審計人員必須掌握的基本武器之一，財政資金涉及的點多面廣，政策性強，資金的使用和分配方向以及會計科目複雜，要想在審計過程中查出問題，熟悉相關的法規檔案至關重要。特別是目前上級轉移支付的資金佔據地方財政總收入比重之大，政策之多，審計過程中必須從檔案入手，瞭解資金性質。再者根據相關檔案法規，從財政改革、預算分配、資金管理以及稅收徵管等政策制度進行延伸，從而查詢問題。
以預算編制和執行為重點。
預算編制的科學性、合理性，乃至準確性，目前仍然在存在諸多問題，歷年延續，甚至 “累教不改”，而具體實施過程中，與執行差距甚大，有的支出甚至與預算根本無邏輯和關聯性，突出了預算的不嚴肅性。特別是有些地方非稅收入，納入預算管理的甚至不足實際執行收入的一半，乃至包括政府採購、國土出讓、國有資本經營等，有的是有預算未執行，有的是有執行無預算等。因此，在審計過程中，要求審計人員認真核對、分析，並瞭解其問題產生的`根本原因。一是審查預算收支的完整性、真實性，檢查各項一般預算收入、政府性基金收入、國有資本經營收入、社保基金收入等是否按規定納入預算管理;二是檢查各項收支是否據實列報，有無隨意調整支出科目以及其他人為調節收支進度等問題;預算支出進度是否均衡，分配是否及時，有無年底集中分配資金等問題;三是分析財政支出的規模和結構，在預算安排、專案確定以及資金分配等方面是否體現轉方式、調結構、改善民生等重點，關注農業、科技、教育等法定支出是否達到規定比例，預算超收收入的安排和使用是否合規;四是檢查向非預算單位分配資金情況。
以非稅收入收繳管理為重點。
從歷年的審計情況來看，非稅收入的收繳管理有些成為“慣性病”，主要包括不繳入國庫進行預算管理，庫外列收列支，甚至被財政部門外借放貸等，人為混淆收入內容及類別等問題。審計人員在審計過程中，一是檢查應按規定納入預算管理的各項行政事業性收費、國有資本經營收益、專項收入、國有資源有償使用收入等是否及時足額繳入國庫，有無隱瞞、滯留收入以及仍作為預算外資金管理等情況。二是檢查非稅收入徵收系統執行是否安全有效，有無混淆收入科目以及滯留、延壓收入情況，三是檢查是否有非稅收入與執收單位任務“掛鉤”進行返還的情況，同時又針對性的抽查並跟蹤有無“亂收費”等現象。
以部門預算管理為重點。
部門預算是政府財政預算的主要組成部分，它直接影響到財政資金的統籌排程，所以說，對部門預算管理進行重點審計，至關重要。審計人員一是要審查預算編制是否科學合理，審批部門預算是否公開透明，有無專案不落實、預留資金、分配不公等問題;二是要檢查年度執行中追加預算的合規性、合理性，在摸清追加預算總體規模、來源和下達時間的基礎上，按照部門類別分析追加預算的專案結構和比重;三是選擇部分部門單位，檢查追加預算專案申報程式是否嚴格，申報材料是否真實準確，專案準備是否充分，資金分配是否及時，使用是否做到專款專用。
以國庫集中支付為重點。
國庫集中收付制度是政府將所有財政性資金都納入國庫單一帳戶體系管理，收入直接繳入國庫或財政專戶，支出通過國庫單一帳戶體系支付到商品和勞務供應者或用款單位，所以說，國庫收付是財政資金流動的“瓶頸”，也是資金進出的關口，完善和嚴格執行國庫集中收付制度異常關鍵。審計人員一是要在分析集中支付範圍、直接支付比例和銀行賬戶管理的基礎上，檢查應納入集中支付範圍的支出專案是否及時納入，支付進度與預算執行進度是否相適應，關注地方財政局對部門單位零餘額賬戶和其他銀行賬戶監管是否到位;二是檢查部門單位結轉和結餘資金管理情況，摸清資金規模，分析原因，檢查有無虛報專案騙取財政資金、通過基本賬戶轉移資金，以及資金長期閒置等問題。
以專項資金管理及績效為重點。
財政專項資金的合規使用也是審計重點，特別是上級轉移支付的資金，隨時可能被擠佔挪用，審計人員主要以民生領域的專項資金從預算安排、資金分配、使用管理和績效情況入手，檢查專案設立是否科學合理，資金分配是否合規，撥付是否及時到位，資金使用是否安全有效，是否達到預期目標，特別是對群眾比較敏感突出專案資金，務必採取“一竿子插到底”進行跟蹤延伸。
以專戶資金管理為重點。
從目前看來，地方財政專戶資金賬戶過多、管理分散、專項資金透明度不高、專戶資金缺乏有效的監管、專戶資金遊離在財政預算之外的現象仍然存在;甚至地方財政部門以“近水樓臺先得月”，錢從門前過，將專戶利息不按規定繳入國庫進行預算管理，而另作收入，甚至形成“小金庫”，因此，審計人員在審計同時：一是檢查是否按照國家有關規定對各項資金和賬戶進行清理。二是對實行專戶管理的部分資金進行審計，在摸清管理方式和資金收支規模的基礎上，檢查資金分配是否合規，資金投向是否符合國家相關政策要求，使用管理是否嚴格。
