目前我國現行預算會計組成體系主要是由財政總預算會計、行政單位預算會計、事業單位預算會計組成。自1998年1月開始施行，已經執行了13年，但隨著財政體制的改革,其難以滿足社會環境需要的缺陷日益明顯。
一、預算會計核算內容方面存在的問題
近年來我國預算會計環境發生了很大的變化，國庫集中收付制度、政府採購制度、政府收支科目分類、收支兩條線等財政體制方面的改革，使得預算會計在原來的核算內容上存在的問題和侷限性明顯，難以有效地提高政府財務資訊的科學性、透明度和完整性。主要表現在以下四個方面。
(一)資產方面存在的問題
目前，我國預算會計以收付實現製為核算基礎，對行政事業單位的資產管理成本偏高，預算會計制度在投資、固定資產、無形資產等內容的核算方面存在明顯的不足之處，不利於會計資訊全面反映。
1.制度對投資核算的規定不詳細。財政總預算和行政單位會計中都設“有價證券”科目，來核算各級政府或行政單位利用結餘購買的的國債，作為流動資產進行管理。也就是說在投資業務中只對國債投資的處理做了簡單規定，不區分長短期國債，對於期限超過一年的國債應屬於長期資產,不能作為流動資產進行管理，對國債以外的其他權益性投資形成的資產沒有規定如何處理,造成有些單位直接作為支出進行核算，大量對外投資不能被確認為資產列入資產負債表中，不利於加強對投資的管理與考核。
事業單位只設“對外投資”科目來核算事業單位購入的各種債券以及通過材料、固定資產、無形資產等各種方式向其他單位的投資。採用統一的方法進行核算長期投資和短期投資，顯然不夠合理。以材料對外投資的，制度分別對一般納稅人和小規模納稅人的核算做了規定，要求一般納稅人核算應交增值稅銷項稅額，忽略了小規模納稅人也應核算應交增值稅銷項稅額；按照稅法規定不管是一般納稅人還是小規模納稅人，以材料對外投資都屬於視同銷售行為應該繳納增值稅，不同的是稅率和購進材料增值稅進項稅額是否計入材料人賬價值，小規模納稅人將進項稅額計人材料的成本，一般納稅人不計人材料入賬價值，作為進項稅額可以抵扣。
2.固定資產的計量難以反映實際價值。我國現行預算會計制度以收付實現製作為核算基礎，固定資產對應固定基金，按照原價核算並反映在資產負債表中並不計提折舊，資金的補償渠道可以是財政撥款或者是計提的修購基金。固定資產的有形和無形損耗會使資產價值下降，但報表中的固定資產價值仍按原價反映，造成固定資產的價值虛增，固定資產資訊無法真實反映給資訊使用者。另外由於固定資產不計提折舊，折舊費用就不計人成本，造成成本構成不完整，不能完整反映行政事業單位的成本消耗情況,不利於加強對固定資產的管理和支出的績效考核。
3.事業單位會計缺乏對無形資產攤銷的具體規定。事業單位“無形資產”的期末餘額反映的是尚未攤銷的無形資產的價值，賬面中不能反映出無形資產的原價。制度規定不實行內部成本核算的事業單位一次性攤銷無形資產，但沒有規定什麼時間攤銷，是在使用時攤銷還是在轉讓時攤銷沒有具體規定；而實行內部成本核算的事業單位，無形資產在收益期內分期攤銷，但是收益期具體應該多長也沒有限制。
(二)在負債方面不能全面反玦政府的債務
目前財政總預算會計的負債只包括:上下級財政或者同其他部門結算中形成的應付及暫收款項、預算舉借債務形成的借人款和借人的財政週轉金。對於發行的國債等資金,中央財政通過“借人款”科目核算其債務，借記“國庫存款”，貸記“借人款”;當轉貸給地方財政時,借記“與下級往來”，貸記“國庫存款”;地方財政收到其資金時，借記“國庫存款”，貸記“與上級往來”，僅僅通過“與上級往來”、“與下級往來”來核算,資金性質不夠明確，無法區分轉貸資金和其他轉移性支付形成的債權或債務。
在收付實現制核算基礎下，政府是以款項的實際收付作為當期確認收人支出的依據。這種記賬方法在財政支出方面只能核算款項實際支出的部分，對於一些當期已經發生但尚未支付的款項不能準確核算，這就產生了政府的“隱性債務”，主要包括:中長期國債利息、養老金、政府欠發工資等。在“2010年新浪金麒麟論壇”上,財政部財政科學研究所所長賈康表示，2010年地方政府的隱形負債在8萬億元出頭，約佔GDP的20%~25%。由於這些“隱性債務”的存在使政府誇大了可支配財政資源，對巨集觀經濟決策和經濟市場的執行容易產生錯誤導向，使政府很難防範和化解財務風險，對經濟的持續發展和良好執行帶來隱患。同時,這種現象也導致政府部門的權利和責任的不平衡，有可能導致“父債子還”的局面出現。這樣政府績效的考核就會出現不客觀的局面。
(三)收入和支出方面確認時間難以確定
在財政總預算會計中預算收入分為一般預算收入和基金預算收入，沒有預算外收人科目，目前納入國家預算管理的預算內資金和預算外資金分賬核算，只是在預算會計報表中無法反映出全部收入的金額。而對於一些隱性債務所形成的支出，由於我國採用收付實現制，在當期支出中也無法體現。
實行國庫集中收付制度後，預算單位在確認收入時，不一定伴隨貨幣資金的流人,而可能是支出的增加、實物資產的流入、或是用款額度的增加。但是收入及支出應該在什麼時間確認，卻難以確定。
收付實現制是以實際收付款項作為收入和費用的確認依據，一些當期已經發生但尚未收到貨支付的款項，是不能確認為收人或費用的,這樣當期會計記錄的收支不能正確反映當期的活動全貌，不能反映政府各部門所提供的產品和服務的成本消耗效率水平，不利於開展績效考核。
(四)淨資產方面結轉與結餘資金難以區分
在執行年度預算過程中，預算單位經常會出現當年預算己經安排了相應資金，但由於各種原因致使當年無法全部支出的情況，這部分資金實際上是結轉下年繼續使用的，但按照現行制度核算卻被核算為結餘資金，造成當年結餘不實，給以後年度預算專案的安排造成假象，預算資訊容易被誤解，影響其可靠性。
在財政總預算會計中，政府當年結餘和歷年累計結餘無法區分，全部計入“預算結餘”科目進行核算，不便於財務分析和資金排程。
二、逐步推進權責發生制改革，拓寬核算內容
為了提供更可靠、有用的會計資訊,滿足資訊使用者的需要，預算會計需要引人權責發生制，逐步擴大核算範圍，使資產、負債、支出的列報口徑和年終結轉等內容的核算規範化。
(一)規範資產記錄
在財政總預算會計制度中，應增加對股權和有價證券投資的相關科目，區分長短期核算。權益性投資不僅要作為預算支出處理，還要核算投資形成的資產，以便於對財政支出進行事後監督及績效考核。還要增設“政府股權投資”科目，反映股權資產的增加和收回情況，並且對存在減值跡象的計提減值準備，計人“政府股權投資減值準備”科目，準確而如實地反映各期的投資損益。政府對外投資按照權責發生制確認投資收益,計入“應收利息”科目。對於預算單位按國家規定購買的有價證券按照權責發生制確定利息收益，計人“應收利息”科目。應收未收、應撥人實際未撥人的款項應該依據實際收款的權利在取得時及時確認為應收款項,計入“應收上級補助款”。
針對目前固定資產價值虛增的問題，要真實反映固定資產的價值，可通過計提折舊的方式反映資產的有形和無形損耗，便於對購置政府固定資產的財金視點財政資金進行有效的追蹤和監管。
由於目前事業單位會計制度忽略了小規模納稅人應交增值稅銷項稅額的核算，增加對事業單位(小規模納稅人)材料對外投資業務中應交增值稅銷項稅額的核算，按合同確認的.含稅價值計入投資的入賬價值。
關於事業單位無形資產的攤銷問題，建議不實行內部成本核算的事業單位在轉讓所有權時一次性攤銷，待實現權責發生制的核算基礎後，要按照攤銷的受益年限分期攤銷。
(二）擴大財政負債的核算範圍將隱性債務顯性化
“隱性債務”不利於財政風險的防範，要降低“隱性債務”，就要運用權責發生制，增設可以明確反映政府負債結構、負債水平和債務利息的會計科目，對政府借款和政府債券、政府借款和債券的利息、政府欠發工資、政府採購的應付未付貨款、社會保障支出、政府提供的擔保、金融負債等進行核算。通過權責發生制的確認和計量，可以加強管理人員對於責任的意識，可以使其準確評估政府資源與其責任之間的關係，避免政府管理人員對“隱性債務”的漠視所造成的財政壓力(見表2)。
(三)按照新的政府收支科目調整預算會計收支科目
新的政府收支分類對政府收入進行統一分類。分為“收入分類”、“支出功能分類”、“支出經濟分類”三部分。收入這一要素擴大了範圍，在原來一般預算收入、政府性基金預算收入、債務預算收入的基礎上，將預算外收人和社會保險基金收人納入了政府收支分類範疇。但是我國目前財政總預算會計科目仍然在使用“一般預算收人”、“基金預算收人”等科目進行核算，已經不能適應政府收支科目變化的要求。預算會計應該以新的政府收支分類為基礎，建立配套的預算科目。根據2009年財政部制定的《財政部代理髮行地方政府債券財政總預算會計核算辦法>(財庫[2009]19號衝只增設了收人類科目“408債務收人”、“409債務轉貸收人”,並沒有按照政府收支科目調整增設“社會保障基金收人”和“預算外收入”。為了涵蓋所有收支業務，收人方面應該增設“社會保障基金收人”和“預算外收入”等科目進行核算；支出方面，也應該相應設“社會保障基金支出”和“預算外支出”等科目。對於應付未付的社保基金，將納人財政部門管理的社會保險基金計人“社保基金收人”貸方，財政部門從社保基金專戶中取用的資金安排支出計入“社保基金支出”借方，期末轉到“社保基金收人”科目。將按照權責發生制原則對借入款確認的利息支出計入“債務利息支出”科目。
(四）明確財政支出的列報口徑
按照制度規定，財政支出的列報口徑為財政撥款數，但在實行國庫集中收付後，預算單位向財政部門提出用款申請，財政部門批覆的是用款額度。財政的支出不再是直接撥付部門，而是通過國庫支付中心支付，財政部門根據國庫支付執行機構的財政直接支付(財政授權支付)彙總清單列報支出，其實質是以實際支出數列報支出。由於國庫支付中心根據用款進度，對於預算中安排的額度通常為分次支付，預算支出進度相對比較緩慢。在實行收支統管、定額或定項補助、超支不補、結餘留用政策情況下,財政支出如按實支數列報，產生的財政結餘就是虛假結餘。原來的財政撥款數只是用款額度，與實際支付金額並不一致，因此財政支出的列報口徑應該改以國庫支付數，這樣才能更準確地反映支出進度。
(五)運用權責發生制核算結餘資金
採用權責發生制核箅結餘資金，對於應收未收的收入、應撥入實際未撥人的款項應該依據實際收款權利取得時及時確認收人，相應的應補未補、應撥出未撥出的款項根據實際支付義務發生時及時確認為支出。
為了更清楚、準確地反映會計資訊,應將當年結餘和歷年累計結餘分開核算，當年結餘通過“當年結餘”科目核算,歷年累計結餘通過“預算積累”等科目核算，取消固定基金和投資基金的核算，以便於對財政資金進行績效考核和排程。
