自然分類法
現代生物分類學研究生物的系統發育，特別強調分類和系統發育的關係。在研究分類的過程中，分類學家追求的是劃分的分類單元應是“自然”的類群，提出的分類系統力求反映客觀實際，也就是說要符合系統發育的原則。因為系統發育的親緣關係是生物進化過程的實際反映。因此，研究各生物類群的分類學家，都把組建該類群的系統發育作為主要目標，以便在此基礎上按照生物系統發育的歷史，編制生物的多層次分類系統，即自然分類系統。
植物的自然分類法是以植物的`形態結構作為分類依據，以植物之間的親緣關係作為分類標準的分類方法。從生物進化的理論得知，種類繁多的植物，實際上是大致同源的。物種之間相似程度的差別，能夠顯示出它們之間親緣關係上的遠近。判斷植物之間的親緣關係的方法，是根據植物之間相同點的多少。例如，菊花和向日葵在形態結構等方面有許多相同點，如它們都具有頭狀花序，花序下有總苞，雄蕊5枚，花葯合生。於是就認為它們的親緣關係比較接近；而菊花與大豆相同的地方就比較少，如大豆花是大小和形狀都不相同的蝶形花瓣，二體雄蕊(花絲9枚合生，一枚離生)，於是就認為它們的親緣關係比較疏遠。
近年來，隨著科學的發展，植物的分類已經不僅以形態結構為依據，而且得到了生理學、生物化學、遺傳學和古植物學等學科的密切配合。各國植物學家正在這方面繼續展開深入的研究，以便使植物分類的方法更加完善。
動物的自然分類方法更加複雜，主要是根據同源性進行分類。分類學家必須考慮多種多樣的特徵，這些特徵包括：結構、功能、生物化學、行為、營養、胚胎髮育、遺傳、細胞和分子組成、進化歷史及生態上的相互作用。特徵越穩定，在確定分類時就越有價值。
總結：各種生物之間存在著不同程度的親緣關係。分類學應該反映這種親緣關係，反映生物進化的脈絡。
