(一)入境查驗
入境客輪或其代理人應在客輪預計抵達口岸24小時前(航程不足24小時的，在駛離上一口岸時)向檢驗檢疫機構申報，並填報《入境檢疫申報書》。如填報的內容有變動要及時向檢驗檢疫機構更正。
根據來自港疫情情況及客輪入境前船長或其代理人所申報的內容和檢驗檢疫的相關要求，決定入境檢疫形式(可採取錨地、電訊、靠泊、隨船檢疫);
登輪查驗：
1、證書查驗：認真審查航海健康申報書，詢問船員、旅客的健康狀況。查閱船員名單及旅客名單，瞭解船員變動的原因，同時查閱中國籍船員及旅客的.《健康證明書》;查閱船用物品、食品及飲水清單，瞭解其裝載港及日期;查閱貨物申報單，瞭解貨物的種類、載貨狀況及裝貨時間;查閱船舶除鼠或免予除鼠證書，船舶衛生證書;必要時查閱旅客的預防接種證書，船醫日誌等。
2、醫學檢查：對船員和，對有疾病症狀的船員或旅客，實施基本的臨床檢查，初步判定疾病的性質。
3、衛生檢查：檢查船舶食品、食品儲藏間、廚房、配餐間、餐廳、宿倉的衛生狀況，根據疫情對某種食品或動植物產品進行封存或銷燬;檢查船舶的醫學媒介生物密度，以及生活垃圾的衛生和存放情況。
4、結果判定：依據檢疫法對染疫/染疫嫌疑船的判定標準，判定其為未染疫/染疫/染疫嫌疑船，併發給相應船舶入境衛生檢疫證/船舶入境檢疫證。
5、檢疫處理：根據查驗結果，對生活垃圾、食品飲用水、行李週轉集裝箱、拖運集裝箱的輪胎等實施必要的衛生處理;對染疫/染疫嫌疑船，依據檢疫法實施必要的隔離、消毒、除蟲、除鼠、留驗、醫學排查等衛生措施，並將衛生措施簽註在船舶入境檢疫證書上。
(二) 出境查驗
1、由船方或其代理人在客輪離境前4小時內向檢驗檢疫機構申報，辦理出境手續。
2、辦理出境手續時，船方或代理應向檢驗檢疫機構提交《航海健康申報書》、《總申報單》、《貨物申報單》、《船員名單》、《旅客名單》。
3、稽核船方提交的出境檢驗檢疫資料或經登輪查驗，符合有關規定的，檢驗檢疫機構簽發《交通工具出境衛生檢疫證書》，並在船舶出口岸手續聯絡單上籤注。
