上海市市環境保護行政主管部門根據環境保護部要求，每年組織對各環評機構開展年度檢查。年度檢查中，將視情況採取重點檢查和隨機抽查相結合的方式，組織對環評機構年度工作情況進行監督檢查。具體內容如下：
一、環評機構年度檢查要求
(一)報送材料要求
1.環評機構應按照環保部規定的格式，在每年1月20日向市、區縣兩級環境保護行政主管部門上報本單位上年度環評機構總結報告(含電子版)，報告本機構年度業績、登記於本機構的從業人員、年度環評工作以及資質符合性等情況，填報《年度建設專案環評檔案完成情況一覽表》及《登記於本機構的從業人員一覽表》。
2.各區縣環境保護行政主管部門應根據環評機構上報的年度總結報告，結合日常檢查情況，於每年1月底前向市環境保護行政主管部門報送在轄區內開展環評業務的環評機構的年度檢查結果。
(二)年度檢查內容
年度檢查主要是對各環評機構年度環評工作的總體情況進行全面檢查，包括資質管理規定執行情況、人員配置及工作業績情況、內部管理制度及落實情況、檔案規範管理情況、環評檔案編制質量情況等內容。
(三)年度檢查結果
環評機構年度檢查結果由考核組根據市環保局日常檢查成績(佔20%)、各區縣環保局檢查結果(20%)、資質管理檢查情況(30%)、環評檔案抽查質量(30%)等加權平均後綜合計算得出。
環評機構年度檢查總分100分。檢查成績分合格和不合格2個等次。60分以上(含60分)分為合格，60分以下為不合格。
二、環評機構年度檢查方式
市環保局可根據環評機構日常管理情況組織對環評機構進行現場檢查和環評檔案質量抽查。主要內容如下：
(一)環評機構資質管理
環評機構資質管理情況主要包括環評機構的基本情況、資質證書管理規定的執行情況、內部管理的規範性等內容：
1.環評機構的基本情況，包括固定工作場所、分支機構、資質範圍和資質證書變更等情況、專職技術人員配置，以及年度工作業績等;
2.資質管理規定的執行情況，包括專案承接和合同簽署規範性、證書和印章使用規範性、與資質範圍的符合性;服務質量情況等;
3.內部管理規範性情況，包括內部管理制度制定及落實情況、專案統計管理完整性、檔案管理規範性和完整性、環評質量保證體系落實情況等。
(二)環評檔案編制質量抽查
參與環評檔案質量檢查的.專家將從本市環評專家庫中選取，由專家對環評檔案進行審閱、評分。每個環評機構將檢查若干份已獲批覆的環評檔案，由檢查組在各環評機構年度或階段性業績清單中抽取。
抽查的環評檔案編制質量考核要求參照《上海市環境影響評價機構工作日常檢查細則(2017版)》中“環境影響評價機構工作日常檢查指標”環評檔案質量檢查要求執行。抽查環評檔案檢查結果為所抽取的環評檔案的平均得分。
