環境自淨有一定限度，超過限度或條件的改變都會止中止自淨甚或增加汙染物的毒性。
如大氣汙染物可通過擴散、稀釋達到淨化，而當逆溫(inversion)(一般大氣溫度隨高度遞減，當在某一高度上溫度隨高度反而出現增加或不變時，這個現象稱逆溫)形成時，即阻礙空氣的對流和湍流，低層的氣體汙染物、氣溶粒子等均難以向上擴散，導致大氣汙染物聚集在逆溫層下，損害人體健康，嚴重時可增加阻塞性肺部疾患的死亡率。
吸附和沉降對大氣及水體汙染物只能是暫時性的`清除，在增大大氣風速及水體流速情況下，仍可使汙染物泛起，使吸附物質返環境造成再次汙染。寄生蟲汙染水體後，一般可沉降到水底並逐漸死亡，而血吸蟲、肺吸蟲及薑片蟲蟲卵仍可在水體中繼續孵化。
一般情況下，通過微生物分解轉化作用可使汙染物質毒性降低，但也使汙染物質毒性增加的，如無機汞在水體中經生物甲基化作用可轉化成毒性更強的甲基汞。
