1.化膿性腦膜炎：其中最易混淆者為嗜血流感桿菌腦膜炎。
2.病毒性中樞神經系統感染：主要是病毒性腦炎，病毒性腦膜腦炎及病毒性脊髓炎均可與結腦混淆，其中散發的病毒腦炎比流行性者更需加以鑑別。
3.新型隱球菌腦膜腦炎：其臨床表現、慢性病程及腦脊液改變可酷似結腦，但病程更長，可伴自發緩解。慢性進行性顱壓高症狀比較突出，與腦膜炎其他表現不平等。本病在小鍺較少見故易誤診為結腦。
4.腦膿腫：腦膿腫患兒多有中耳炎或頭部外傷史，有時繼發於膿毒敗血症。常伴先天性心臟病。腦膿腫患兒除腦膜炎及顱壓高症狀外，往往有局灶性腦徵。
5.腦瘤與結核性腦膜炎的鑑別。
