2016大學聯考志願填報後，相應的高校錄取工作於7月上旬開始。錄取按科類及考試類別，根據考生總分(文化總分加政策加分)從高到低依次對考生所填報的平行志願從A院校到E院校的順序逐個檢索，被檢索的志願中一旦出現符合投檔條件的院校，即向該院校投檔。
如果考生總分相同時，按文化總分高低，文化總分仍相同再按單科分數高低依次投檔。單科順序排列：一類考試科目文科為語文、文綜、數學、外語、自選模組，理科為數學、理綜、語文、外語、自選模組;二類考試科目排序，剔除自選模組，其他科目排列與一類相同;三類考試科目文科為語文、數學、外語、技術，理科為數學、語文、外語、技術。同一學校總分、文化總分和單科成績均相同的考生全部投檔。
各批平行志願和徵求志願均實行一輪投檔。考生填報的5個志願最多隻有一次投檔機會，一旦被投檔到其中一個院校，其餘4個志願即失效。若投檔後被退檔，其他志願也不能再投檔。平行志願和徵求志願的退檔考生和檔案未能投出的考生可參加後續徵求志願填報。
錄取批次和院校安排
文、理科專業：分三批六階段進行
第一批(含該批提前錄取院校)為“985”、“211”高校和經批准列入該批的`本科高校專業，對應一類考試科目，錄取時間是7月8日至7月21日。
第二批(含該批提前錄取院校)為其他一般本科高校(包括獨立學院、民辦高校)的本科專業，對應二類考試科目，錄取時間是7月27日至8月7日。
第三批(含該批提前錄取院校)為高職(專科)院校專業，對應三類考試科目，錄取時間是8月13日至8月24日。
軍事(國防生)、公安、航海類專業，國際關係學院、外交學院、中國青年政治學院、北京電子科技學院、香港中文大學、香港城市大學等經批准列入提前招生的高校、專業，分別安排到相應批次提前錄取。
藝術類專業：分三批六階段進行
第一批(含該批提前錄取院校)為獨立設定的29所藝術院校及清華等13校的藝術類本科專業，其他專業校考、進入“211工程”建設高校和經批准列入該批錄取的藝術類本科專業。錄取時間為7月9日至7月12日。
第二批(含該批提前錄取院校)為專業省統考的藝術類本科專業。錄取時間是7月13日至7月21日。
第三批(含該批提前錄取院校)為藝術類專科專業，錄取時間是7月30日至8月7日。經教育部批准實行專業校考的專科專業，在該批提前錄取。
體育專業：分兩批三階段進行
第一批(含該批提前錄取院校)為本科專業，錄取時間是7月12日至7月21日。
第二批為高職(專科)專業，錄取時間是7月30日至8月7日。
每批第一天(如有提前錄取院校，則為提前錄取結束後第一天)為體育特招生錄取。
