動畫製作分為二維動畫與三維動畫技術，像網頁上流行的flash動畫就屬於二維動畫;最有魅力並運用最廣的當屬三維動畫。那麼對於Flash與AE，在動畫製作方面到底有哪些區別呢?
首先，這兩個都是能做角色動畫的，而且都是類似基於原件的動畫(AE 可以通過 remap 來實現)。Flash 就不用說了，AE 的舉例如 Wonder Pets 就是一個完全通過 PS+AE 完成的角色動畫，還是系列片。
這兩個到底誰更好，雙方一直爭論不休。不過結果至少在電視領域顯而易見了。AE 做的角色動畫少得多的多，但後期還都是會用的。
先說 AE 的優點：
1. 能形變點陣圖，設定關節點+程式碼控制，操作起來也不是太麻煩。因此，也可以模擬骨骼系統。點陣圖的好處就是比向量圖有更多的細節。所以 AE 是那種基本能做到「讓一張油畫柔軟的動起來」那種。相對，Flash 只能「讓一張油畫硬邦邦的動起來」。
2. 可以無縫實現後期效果。做動畫的同時可以完成後期內容，不用等動畫軟體渲染了檔案再在這裡面改，方便很多。而 Flash 只能做到一些簡單的濾鏡，而且由於渲染問題，用的也不多。順帶一提，由於 AE 在後期方面的專業性，其他一些動畫軟體即便有這個功能也很難趕得上 AE 在這方面的絕對強勢。
4. 承接上點，AE 的特效外掛，物理模擬系統，程式碼等，都能很好實現一些高階效果或代替重複性勞動。雖然 Flash 也有 Actionscript，但在角色動畫領域，這東西基本不可用。
3. 由於有攝像機概念的存在，通過建立 Z 軸可以實現一些更好的機位運動。Flash 只能手動模擬。
舉個例子：Flash中，從圓形變為正方形，只需要選擇“形狀補間”命令。但在AE中，需要在path屬性中操作，先給“圓形”打上關鍵幀，再複製“正方形”path到“圓形”中作為關鍵幀。雖然比Flash中麻煩，但是AE強大的地方在於擁有眾多內建特效，更不用說那些無以計數的外掛。
再者就是劣勢：
1. 沒有或者繪圖工具比較薄弱，基本還是要藉助第三方繪圖工具;而 Flash 有相對完整的向量繪畫工具。
2. 這基本上是 2D 動畫+骨骼系統會碰到的通病，Flash Pro CS4 之後的骨骼系統在影視領域用的不多的原因也在這裡——繫結系統嚴謹，動畫調節器也很嚴謹，缺乏靈活性。而角色動畫中經常會碰到跳層(左手現在是在身體前層，一會兒到身體後層去了，也可能會出現前壁或者上臂之間的位置變化)。當然不是說沒法實現，但在靈活性和效率上遙遠不如 Flash。(一些新生代的專為動畫服務的軟體繫結方法更高階，解決了這個問題，但同時學習成本也上升到一個新高度，不過這裡就不說了。)所以在碰到人物轉身、轉面、和物體互動、大幅度動作的.時候，AE 可能都不太方便做，至少不如 Flash 這麼隨心所欲。
3. 沒有洋蔥皮，或洋蔥皮功能遠不如 Flash 來得快捷實用。
4. 其他，包括價格劣勢，對機器配置要求更高等。
實際上， Flash 一直都走在 web 技術的最前面，從流暢的動畫效果，到互動應用程式，再到網路視訊。每一項變革都是由 Flash 引起的。如今 Flash Player 11 的釋出，又將硬體加速的 web 3D 技術推向新的高度。
實際上落後的是整個 Flash Platform 平臺的進化策略。缺少關鍵性硬體的繫結，以及強有力的應用程式銷售渠道，無法吸引開發者持續開發強有力的應用程式並盈利，也無法吸引到足夠都的使用者來購買。導致 Flash 只能一個相對狹小的範圍內孤芳自賞。而這是決策者在選擇技術實現的時候必須要面對並正視的關鍵點。
