一、檢驗檢疫證單是出入境貨物通關的重要憑證
1、凡列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》範圍內的進出口貨物(包括轉關運輸貨物)，海關一律憑貨物報關地出入境檢驗檢疫機構簽發的《入境貨物通關單》或《出境貨物通關單》驗放。
2、對未列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》範圍的進出口貨物，國家法律、法規另有規定須實施檢驗檢疫的，海關亦憑檢驗檢疫機構簽發的《入境貨物通關單》或《出境貨物通關單》驗放。
3、有些出境貨物，尤其是涉及社會公益、安全、衛生、檢疫、環保等方面的貨物，入境國家的海關將依據該國家法令或政府規定的要求，憑檢驗檢疫機構簽發的證單(包括品質、植檢、獸醫、健康衛生、燻蒸消毒等證書)作為通關驗放的重要憑證。
二、檢驗檢疫證單是海關征收和減免關稅的有效憑證
1、有些國家海關在徵收進出境貨物關稅時，經常依據檢驗檢疫證單上的檢驗檢疫結果作為海關據以徵稅的憑證。以檢驗檢疫證單作為把關或計收關稅的憑證。
2、對到貨後因發貨人責任造成的殘損、短缺或品質等問題的入境貨物，發生換貨、退貨或賠償等現象時往往涉及到免徵關稅或退稅。檢驗檢疫機構簽發的'證書可作為通關免稅或者退稅的重要憑證。
3、檢驗檢疫機構簽發的產地證書是進口國海關征收或減免關稅的有效憑證。一般產地證是享受最惠國稅率的有效憑證，普惠制產地證是享受給惠國減免關稅的有效憑證。
三、檢驗檢疫證單是履行交接、結算及進口國准入的有效證件
1、檢驗檢疫機構所簽發的各種檢驗檢疫證書是作為交接的憑證。
2、檢驗檢疫證書是雙方結算貨款的憑證。
3、有的國家法令或政府規定要求，某些入境貨物需憑檢驗檢疫機構簽發的證書方可進境。
四、檢驗檢疫證單是議付貨款的有效證件
在國際貿易中，簽約中的買方往往在合同和信用證中規定，以檢驗檢疫證書作為交貨付款的依據之一。
五、檢驗檢疫證單是明確責任的有效證件
在發生商務糾紛或爭議時，檢驗檢疫機構簽發的證書是證明事實狀態，明確責任歸屬的重要憑證。
六、檢驗檢疫證單是辦理索賠、仲裁及訴訟的有效證件
對入境貨物，經檢驗檢疫機構檢驗檢疫發現殘損、短少或與合同、標準不符的，檢驗檢疫機構簽發檢驗證書。
買方在合同規定的索賠有效期限內，憑檢驗檢疫機構簽發的檢驗證書，向賣方提出索賠或換貨、退貨。
屬保險人、承運人責任的，也可以憑檢驗檢疫機構簽發的檢驗證書提出索賠。有關方面也可以依據檢驗檢疫機構簽發的證書進行仲裁。檢驗檢疫證書在訴訟時是舉證的有效證明檔案。
七、檢驗檢疫證單是辦理驗資的有效證明檔案
價值鑑定證書是證明投資各方投入財產價值量的有效依據。
