在税務處理上，企業應嚴格按照《增值税暫行條例》及其實施細則，財政部、國家税務總局《關於全國實施增值税轉型改革若干問題的通知》(財税 [2008]170號)，財政部、國家税務總局《關於固定資產進項税額抵扣問題的通知》(財税[2009]113號)等法規執行。符合條件的固定資產進項税應抵盡抵，並建立已抵扣固定資產備查賬，接受税務機關的抽查。
在具體會計實務中，應注意以下問題：
1.不是所有動產設備的進項税額都可以認證留抵。
能抵扣進項税額的固定資產需要滿足以下條件：①該固定資產用於增值税應税項目或同時在應税項目與非應税項目間混用;②可抵扣進項税的固定資產有：使用期限超過12個月的機器、機械、運輸工具以及其他與生產經營有關的設備、工具、器具等;③應取得符合要求的`扣税憑證;④業務發生及扣税憑證時間都在2009年1月1日以後;⑤在企業賬面上按固定資產核算。
用於非增值税應税項目、免徵增值税項目、集體福利或者個人消費的設備，以及納税人自用的應徵消費税的摩托車、小汽車、遊艇，其進項税額不得抵扣;根據財税[2009]113號文件規定，在《固定資產分類與代碼》(GB/T14885-1994)中代碼前兩位為“02”的房屋和前兩位為“03” 的構築物，土地附着物，以及以建築物或者構築物為載體的設備和配套設施，如：給排水、採暖、衞生、通風、照明、通信、煤氣、消防、中央空調、電梯、電氣、智能化樓宇設備均應作為建築物或者構築物的組成部分，其進項税額不得在銷項税額中抵扣。
2.建設企業自行採購的工程物資(俗稱甲供材)的進項税額抵扣問題。
工程物資一般包括兩類，一是為建造房屋、構築物等不動產所用的工程物資，一是為安裝設備所使用的工程物資。
用於建造建築物、構築物等不動產所購進的工程物資，其進項税不能抵扣，計入工程物資價值。為安裝設備所使用的工程物資，如果用於可以抵扣進項税的設備安裝，該工程物資進項税也可以抵扣。企業為購進設備和工程物資支付運費中的進項税也可比照上述原則處理。
一次大批量購進的工程物資，購入時還無法辨別是否用於可抵扣進項税設備安裝時，可以先認證留抵，等以後領用時，再將用於不動產和不可抵扣進項税設備安裝的部分，憑工程項目領料單作相應的進項税額轉出處理。
如果可抵扣進項税的設備及其所用工程物資，發生了因管理不善造成的非正常損失(被盜、丟失、黴爛變質)，也要作相應的進項税額轉出處理。
