金税三期上線以來，有不少一般納税人的公司被税務局預警後評估稽查，結果不但要交回抵扣的税款，還要受到漏繳税款0.5倍--5倍的罰款，還有每天萬分之五的税收滯納金!!!企業老闆紛紛抱怨：税務稽查為什麼就落到我們頭上?
重點稽查方向1：地税局對營業税做個了斷與清算。
營改增之後，增值税需要繳給國税。目前各地地税局都在思考一個問題：如何對營改增前的營業税做個了斷與清算。
重點稽查方向2：地税局對企業所得税做個了斷與清算。
1、2002.1.1之前的企業—地税局
2、2002-2009之間企業—國税局
3、2009.1.1之後的企業—跟着主體税種
2017.12.31日前，企業所得税全部將移交到國税局，也就是以後企業所得税都是歸國税局管理，因此企業目前也要面臨地税局對所得税的清算!
重點稽查方向3：開展行業專項整治的稽查工作。
據税總函(2016) 256號文件《關於加強全面推開營改增試點後，涉税風險防範和稽查工作的通知》，今年國税總局選取了3-5個行業重點稽查房地產、建築、住宿酒店業是虛開發票的重災區，必然會加強稽查力度。
稽查重點為：對於新老項目劃分是否正確進行檢查;增值税預繳税款是否正確進行檢查;建築業是否分項目核算以及項目台賬的檢查;建築業是否有把簡易計税的購進材料抵扣到一般計税的項目中?增值税差額徵税的行業扣除項目是否真實?是否存在人為改變老項目計税方式?
重點稽查方向4：營改增前後政策的執行情況。
比如：建築企業和房地產公司將營改增前發生的採購行為等到營改增後獲得供應商開具的增值税轉用發票進行了抵扣。
比如：營改增前(2016年4月30 日前)採購的建築施工材料已經用於工程施工項目，但是拖欠材料供應商的採購款，營改增後(2016年5月1日)才支付拖欠材料供應商的材料款而收到供應商開具的增值税專用發票，無論建築企業選擇簡易計税方法還是一般計税方法計算增值税，依據税法規定則不可以抵扣增值税的進項税;
比如：營改增前的老項目在營改增後繼續進行施工的情況下，由於建築施工企業根據税法規定選擇了簡易徵税計税方法，所以老項目在營改增後所發生的增值税進項税不可以在新項目發生的增值税銷項税中進行抵扣。
再比如：某公司2016年7月份的通行費發票已經自行抵扣了，但是税務局查到了不允許抵扣?(地税發票可以用到6月30日)
再比如：關於收費公路通行費增值税抵扣的政策執行情況(財税〔2016〕86號文件)
重點稽查方向5：採購方或勞務接受方將一些依照税法規定不能抵扣的增值税專用發票進行了抵扣。
比如：將沒有供應商開具蓋有發票專用章的.銷售清單，而開具“材料一批”、彙總運輸發票、辦公用品和勞動保護用品的增值税專用發票抵扣了進項税金。(根據國税發[2006]156號第十二條的規定，一般納税人銷售貨物或者提供應税勞務可彙總開具專用發票。彙總開具專用發票的，同時使用防偽税控系統開具《銷售貨物或者提供應税勞務清單》，因此，沒有供應商開具銷售清單的開具“材料一批、彙總運輸發票、辦公用品和勞動保護用品的發票”，不可以抵扣進項税金。)
再比如：將用於適用簡易計税方法計税項目、非增值税應税項目、免徵增值税項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產的進項税額從銷項税額中進行了抵扣。
重點稽查方向6：全面營改增後的兩虛(虛開虛抵)發票、對開發票、三流不一致發票。
案例：
税務局在稽查企業的時候發現：根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十二條的規定，以下三種開票行為是虛開發票行為：(1)為他人、為自己開具與實際經營業務情況不符的發票;(2)讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票;(3)介紹他人開具與實際經營業務情況不符的發票。”
