體內很多物質氧化分解產生NADH，反應發生線上粒體內，則產生的NADH可直接通過呼吸鏈進行氧化磷酸化，但亦有不少反應是線上粒體外進行的，如3-磷酸甘油醛脫氫反應，乳酸脫氫反應及氨基酸聯合脫氨基反應等等。由於所產生的NADH存在於線粒體外，而真核細胞中，NADH不能自由通過線粒體內膜，因此，必須藉助某些能自由通過線粒體內膜的物質才能被轉入線粒體，這就是所謂穿梭機制，體內主要有兩種穿梭機制。
1.α磷酸甘油穿梭(glycerol?α-phosphateshuttle)
該穿梭機制主要在腦及骨骼肌中，它是藉助於α-磷酸甘油與磷酸二羥丙酮之間的氧化還原轉移還原當量，使線粒體外來自NADH的還原當量進入線粒體的呼吸鏈氧化
當胞液中NADH濃度升高時，胞液中的磷酸二羥丙酮首先被NADH還原成α磷酸甘油(3-磷酸甘油)，反應由甘油磷酸脫氫酶(輔酶為NAD+)催化，生成的α磷酸甘油可再經位於線粒體內膜近外側部的甘油磷酸脫氫酶催化氧化生成磷酸二羥丙酮。醫'學教育網|整理線粒體與胞液中的甘油磷酸脫氫酶為同工酶，兩者不同在於線粒體內的酶是以FAD為輔基的脫氫酶，而不是NADH+，FAD所接受的質子、電子可直接經泛醌、複合體Ⅲ、Ⅳ傳遞到氧，這樣線粒體外的還原當量就被轉運到線粒體氧化了，但通過這種穿梭機制果只能生成2分子ATP而不是3分子ATP.
2.蘋果酸，天冬氨酸穿梭(malate aspartate shuttle)：
這種穿梭機制主要在肝、腎、心中發揮作用，其穿梭機制比較複雜，不僅需藉助蘋果酸、草酸乙酸的`氧化還原，而且還要藉助α酮酸與氨基酸之間的轉換，才能使胞液中來的NADH的還原當量轉移進入線粒體氧化。
GOT：穀草轉氨酸;MDH：蘋果酸脫氫酶
當胞液中NADH濃度升高時，首先還原草醯乙酸成為蘋果酸，此反應由蘋果酸脫氫酶催化，胞液中增多的蘋果酸可通過內膜上的二羧酸載體系統與線粒體內的α酮戊二酸交換;進入線粒體的蘋果酸，經蘋果酸脫氫酶催化又氧化生成草醯乙酸並釋出NADH，還原當量從複合體I進入呼吸鏈經CoQ、複合體Ⅲ、Ⅳ傳遞，最image/005061360後給氧，所以仍可產生3分子ATP，與線上粒體內產生的NADH氧化相同。與此同時線粒體內的α酮戊二酸由於與蘋果酸交換而減少，需要補充，於是在轉氨酶作用下由穀氨酸與草醯乙酸進行轉氨基反應，生成α酮戊二酸和天冬氨酸，天冬氨酸借線粒體膜上的穀氨酸天冬氨酸載體轉移系統與胞液的穀氨酸交換，從而補充了線粒體內穀氨酸由於轉氨基作用而造成的損失，進入胞液的天冬氨酸再與胞液中α酮戊二酸進行轉氨基，重新又產生草醯乙酸以補充最初的消耗，從而完成整個穿梭過程。
