口腔潰瘍的病因很複雜。但國內外多項研究發現，有一些致病因素是可以確定的，其中包括：
精神因素。如長期感到壓力大，精神緊張、波動，經常有疲勞感、睡眠不足。這是臨床上最常見的誘因。
免疫紊亂。任何會引起免疫功能紊亂的因素，都可能誘發口腔潰瘍。
內分泌改變。如女性在月經前後，口腔潰瘍就易復發;更年期婦女也有病損增多的現象。而懷孕後，有些女性的複發性口腔潰瘍就會好轉。
意外受傷，佔患者的38%.使用做工粗糙的假牙套、牙刷，吃太燙的食物或不小心咬了自己一口，都可能成為誘因。
營養缺乏、貧血。尤其是缺乏鐵和B族維生素。此外，愛吃辛辣、刺激性食物，愛吃酸或偏食的人，也更容易被潰瘍纏上。
遺傳也是一個突出誘因。父母中一方曾患此病，其子女得病的機率是35%—40%.
有些牙膏和漱口水含有十二烷基硫酸鈉，刷牙時的.白色泡沫就是由它產生的。挪威一項醫學研究就表明，這種化學成分會增加口腔潰瘍風險，因為它破壞了口腔的保護層“黏液素”。
此外，消化系統疾病如慢性胃炎、胃潰瘍、腸炎、便祕，以及藥物治療不當、環境汙染等，也是比較明確的致病原因。
