在Windows作業系統中執行“磁碟碎片整理”程式，能夠提高硬碟中文件的讀寫速度。但是，盲目地進行磁碟碎片整理，卻有可能發生一些不必要的危險。因此必須注意以下事項：
1.整理期間不要進行資料讀寫
進行磁碟碎片整理是個很漫長的工作，不少朋友喜歡在整理的`同時聽歌、打遊戲。其實這是很危險的，因為磁碟碎片整理時硬碟在高速旋轉，此時進行資料讀寫，很可能會導致電腦宕機，甚至損壞硬碟。
2.不宜頻繁整理
磁碟碎片整理不同於別的電腦操作，硬碟會高速且不停地連續旋轉，如果頻繁進行磁碟碎片整理，有可能導致硬碟壽命下降，建議一個月左右整理一次即可。
3.做好準備工作
在整理磁碟碎片前應該先對驅動器進行“磁碟錯誤掃描”，這樣可以防止系統將某些檔案誤認作邏輯錯誤而造成檔案丟失。具體操作是(以Windows XP為例)：在“我的電腦”中選擇要整理的驅動器，單擊滑鼠右鍵，在彈出的功能表中選擇“屬性”。進入“屬性”視窗的“工具”選項卡後，點選“查錯”欄中的“開始檢查”按鈕(如下圖)，然後按提示操作即可。
4.雙系統下不要交叉整理
很多朋友都安裝的是Windows 98和Windows XP雙系統，但是由於系統相容性等原因，交叉進行磁碟碎片整理可能會造成檔案易位、混亂甚至系統崩潰，所以建議朋友們在不要交叉整理系統分割槽。
