J2EE使用多層的分散式應用模型，應用邏輯按功能劃分為元件，各個應用元件根據他們所在的層分佈在不同的機器上。事實上，sun設計J2EE的初衷正是為了解決兩層模式(client/server)的弊端，在傳統模式中，客戶端擔當了過多的角色而顯得臃腫，在這種模式中，第一次部署的時候比較容易，但難於升級或改進，可伸展性也不理想，而且經常基於某種專有的協議??通常是某種資料庫協議。它使得重用業務邏輯和介面邏輯非常困難。現在J2EE 的`多層企業級應用模型將兩層化模型中的不同層面切分成許多層。一個多層化應用能夠為不同的每種服務提供一個獨立的層，以下是 J2EE 典型的四層結構：
執行在客戶端機器上的客戶層元件
執行在J2EE伺服器上的Web層元件
執行在J2EE伺服器上的業務邏輯層元件
執行在EIS伺服器上的企業資訊系統(Enterprise information system)層軟體
J2EE應用程式元件
J2EE應用程式是由元件構成的.J2EE元件是具有獨立功能的軟體單元，它們通過相關的類和檔案組裝成J2EE應用程式，並與其他元件互動。J2EE說明書中定義了以下的J2EE元件：
應用客戶端程式和applets是客戶層元件.
Java Servlet和JavaServer Pages(JSP)是web層元件.
Enterprise JavaBeans(EJB)是業務層元件.
客戶層元件
J2EE應用程式可以是基於web方式的，也可以是基於傳統方式的.
web層元件
J2EE web層元件可以是JSP 頁面或Servlets.按照J2EE規範，靜態的HTML頁面和Applets不算是web層元件。
正如下圖所示的客戶層那樣，web層可能包含某些 JavaBean 物件來處理使用者輸入，並把輸入傳送給執行在業務層上的enterprise bean 來進行處理。
業務層元件
業務層程式碼的邏輯用來滿足銀行，零售，金融等特殊商務領域的需要，由執行在業務層上的enterprise bean 進行處理. 下圖表明瞭一個enterprise bean 是如何從客戶端程式接收資料，進行處理(如果必要的話)，併發送到EIS 層儲存的，這個過程也可以逆向進行。
有三種企業級的bean: 會話(session) beans，實體(entity) beans，和訊息驅動(message-driven) beans. 會話bean 表示與客戶端程式的臨時互動. 當客戶端程式執行完後，會話bean 和相關資料就會消失. 相反，實體bean 表示資料庫的表中一行永久的記錄. 當客戶端程式中止或伺服器關閉時，就會有潛在的服務保證實體bean 的資料得以儲存.訊息驅動 bean 結合了會話bean 和 JMS的訊息x聽器的特性，允許一個業務層元件非同步接收JMS 訊息.
企業資訊系統層
企業資訊系統層處理企業資訊系統軟體包括企業基礎建設系統例如企業資源計劃
(ERP)，大型機事務處理，資料庫系統，和其它的遺留資訊系統. 例如，J2EE 應用元件可
能為了資料庫連線需要訪問企業資訊系統
