東南大學物理系起源於三江師範學堂於1904年設立的格致科，先後更名為理化科、理化數學部、數學理化部等。1920年，南京高等師範學校時期的數學理化部與國文史地部合併為文理科，下設物理系等8個系。1952年全國院系調整，南京工學院設立物理教研組，物理系從此中斷。直到1983年重建理化系，1988年成立物理系。在物理系發展的百餘年歷史長河中，湧現出了吳健雄、李國鼎、嚴濟慈等著名學者。
物理系現設有物理學教研室、應用物理教研室、光資訊科學與技術教研室、大學物理教研室、物理實驗教研室等5個教學科研單位。全系現有教職工87人，其中專任教師61人，實驗人員18人，機關人員8人。專任教師中有教授21人，副教授20人，其中博士生導師15人，教師中博士所佔比例達到83%。本系現有教育部課程教學指導委員會委員1人，教育部新世紀優秀人才支援計劃入選者5人，江蘇省333人才培養工程入選者2人，江蘇省六大人才高峰支援計劃入選者3人，江蘇省青藍工程支援計劃入選者4人，東南大學青年特聘教授2人，東南大學優秀青年教師教學科研資助計劃入選者10人。
物理系現有“物理學” 一級學科博士點（涵蓋理論物理、凝聚態物理、光學、粒子物理與原子核物理、原子與分子物理、等離子體物理、無線電物理、聲學等8個二級學科）、“物理學”一級學科碩士點、及“課程與教學論”碩士點。本系每年招收的.博士研究生10餘人、碩士研究生約30人。科研方向主要包括凝聚態理論、計算物理、非線性物理、原子核理論、粒子物理、量子光學、非線性光學、功能材料物理、奈米結構物理、光子材料物理等。現有計算物理實驗室、材料物理實驗室、光電物理實驗室等3個科研基地。目前承擔國家級和部省級科研專案30餘項，近5年來在國際一流學術期刊上發表高水平學術論文100餘篇，曾與兄弟院校合作獲得國家自然科學二等獎、中國高校科學技術一等獎各1項。
物理系現設有“物理學”、“應用物理”、“光資訊科學與技術”等3個本科專業，每年招收本科生90人。3個本科專業採用寬口徑培養模式，注重培養學生紮實的數學物理基礎和良好的實踐動手能力，著重加強創新能力的培養。近三年，畢業生的就業率均為100%，有超過40%的畢業生考取了中科院及清華、北大、復旦等名牌高校的研究生。此外，物理系還承擔了全校本科生的物理基礎課程的教學任務，現有4門國家級精品課程（大學物理、大學物理實驗、大學物理雙語導論、新生引導性實驗實踐課程），1個國家級實驗教學示範中心（物理實驗中心），1個國家級教學創新團隊，獲得了國家級教學成果一等獎和二等獎各1項。
經過多年的發展，物理系已成為人才培養和科技創新並駕齊驅的研究型單位，是東南大學理科發展的主力軍之一。
