哥白尼於1473年2月19日出生在波蘭西部維斯杜拉河畔託倫城的一個商人家庭。家裡兄妹四個，哥白尼是最小的。在他10歲時，父親去世了，舅父盧卡斯承擔起了撫育他的重任。
1491年至1495年，哥白尼進入克拉科夫大學學習。克拉科夫是當時波蘭的首都，也是東歐最大的貿易和文化中心，有許多國家的留學生在這裡學習。由於它地處東西歐交通要衝，所以比較早地受到義大利文藝復興的影響。因此在這座古老的大學裡，新興的資產階級人文主義思想和腐朽的封建教會的經院哲學之間展開了激烈的鬥爭。哥白尼在先進的人文主義思想的薰陶下，在心靈裡埋下了向經院哲學挑戰的種子。在這裡，他遇到了對他的一生產生深遠影響的數學家和天文學家布魯楚斯基(Brudzewski)教授。是這位教授的啟蒙教育促使哥白尼決定將自己的一生奉獻給天文科學。
1496年哥白尼前往義大利求學，先後進入博洛尼亞大學、帕多瓦大學和費拉拉大學學習和研究法律、天文學、數學、神學和醫學，他同時還學會了希臘文。1503年，哥白尼獲得了教會法規博士學位。
1497年，哥白尼就任瓦爾半米亞牧師的僧正。1510年後，他先後從事過管理、外交等工作。他是一個傑出的經濟學家，寫過《貨幣的一般理論》一書。他是近代第一個提出劣幣淘汰良幣理論的經濟學家。哥白尼醫術高明，他利用業餘時間行醫，免費為窮苦人治病，是一位頗有名望的醫生，被人們譽為“神醫”。哥白尼還是一位出色的數學家，他的鉅著《天體執行論》附錄裡，發表過他的球面三角論文。
哥白尼也是一位偉大的愛國主義者，當條頓騎士團瘋狂侵略波蘭時，他挺身而出，起來保衛自己的祖國。1519年，條頓騎士團來犯，埃爾門蘭德地區的僧侶全給嚇跑了，而他卻勇敢的'組織和領導了奧爾茲丁城的人民奮勇反擊侵略者，經過五天五夜的激戰，終於打退了敵人的進攻。
儘管哥白尼總是事務繁忙，但他始終保持冷靜的頭腦，把主要精力放在從事天文學的研究上。1515年，哥白尼開始寫作《天體執行論》一書。1525年，哥白尼原來的女管家安娜衷心愛上了這位偉大的科學家，她不顧別人的流言蜚語，來到了被教會剝奪了結婚權利的哥白尼身邊。由於她的精心照顧和幫助，才使得《天體執行論》一書的寫作得以順利進行。
1543年5月24日，偉大的波蘭科學家哥白尼病逝。
