使用CAPM模型來計算投資者的預期回報有很多優點，因此這個模型在提出後的40多年期間也廣受投資者們歡迎。同時，作為財務管理領域裡一個重要的理論模型，CAPM也有明顯的缺點和限制：
首先，表現在CAPM模型變數的取值。
1)Risk-free rate of return
在計算中，政府短期債券的利率經常使用作無風險利率作為簡化處理，但是，短期債券的利率不是固定的，因為它的數值每天都會隨著經濟環境的改變而改變，因此，取短期內這種債券的平均值可以用來消除其波動性。
2)Equity risk premium(ERP)
為市場風險溢價(ERP)的取值相對是比較困難的。一個股票市場的回報是所有股票的平均資本利得及其平均股利分紅的總和。在短期來看，當整體股票下降的價格大於其所帶來的股利分紅時，一個股票市場會有一個負的市場回報而非正的市場回報。因此，該股票市場的ERP取值經常是一個經過大量實證研究的，長期的ERP平均值，但是在這段時期內ERP的取值並不是穩定的。在英國，ERP的取值在2%與5%之間都是合理的。因此，ERP取值的不確定性也為市場風險所要求的報酬的計算帶來了相應的不確定性。
3)Beta value
現在Beta 係數的取值經常是為了股票市場的所有的上市公司。這裡的`問題就是：Beta係數不是穩定的，是隨著時間而變動的，因此相對應的，市場風險所要求的回報率也是不確定的。
其次，CAPM模型的缺陷表現在投資評估中的應用
1)運用於專案本身的Beta係數與公司權益的Beta係數是不一樣的，這兩者之間是需要的進行區分的。一種區分的方式就是將公司的權益beta看作是歸屬於企業不同投資活動的beta係數基於該投資活動所運用相關資產的公允價值的加權平均數。然而，關於不同投資活動的相關資產的公允價值是比較難以獲得的。
2)另外一個比較相似的困難是：公司的capital structure(為了計算相關的gearing ratio而需要獲得)也是比較難以獲得的。比如說：一些公司可能有著比較複雜的資本結構，即該公司的融資方式有很多種;同時，還有一些公司可能會有著在非公開市場上募集的債券資金，或者使用複雜的融資方式，比如：可轉換債券等。除此之外，為了簡化計算，會假設債務的Beta係數是零，但是這個假設可能會加大專案折現率計算的不準確性。
3)當CAPM模型運用於專案投資評估時，有一個相關的假設是規定投資的標準期是一年，雖然這個假設方便於資料的比較，但是這個假設與實際情況(實際投資往往是跨越多個標準期)是不相符的。
有關於CAPM模型的批評的聲音日益高漲，但是在更加完善的分析模型出來之前，CAPM仍然是財務管理領域裡非常重要的工具。
